森林草莓中ERF基因家族的鉴定和分析

发布时间：2024-03-03 12:58

　　ERF(ethylene responsive factor)转录因子是植物AP2/ERF转录因子超家族的一个家族,参与乙烯信号转导途(?)和植物对生物和非生物胁迫的响应,对植物的生长发育至关重要。目前已对拟南芥、水稻和杨树等多个物种中的ERF基因家族进行鉴定及进化分析,但对草莓中ERF基因的研究非常少。草莓是一种营养丰富且经济价值高的园艺作物,2011年二倍体森林草莓全基因组序列的测定,为ERF基因家族的鉴定和研究奠定了基础。本文在森林草莓基因组中一共鉴定出91个ERF基因。根据进化树的聚类关系将整个ERF基因家族分成11个组,并将所有ERF基因分成单一支Ⅰ和基因簇Ⅱ两大类。通过Mcscan及染色体定位分析发现,草莓特异性扩张的Ⅱ类ERF基因主要来源于串联复制、散点复制和染色体片段复制事件,说明这三类复制是森林草莓ERF基因特异性扩张的主要机制。未发生近期扩张的Ⅰ类ERF基因中,也存在处于串联复制片段中的基因,这些基因来源于草莓与拟南芥分化之前的串联复制事件(古老的串联复制)。至少有31个(34.1%)森林草莓ERF基因起源于古老的串联复制事件,表明串联复制在草莓与拟南芥分化之前的E...

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【学位级别】：硕士

【部分图文】：

图１－１?ＡＰ２超家族的结构??

的蛋白模块，即ＥＲＦ结构域，调控乙烯响应基因的转录水ｆ。根据结构域的特点，??ＡＰ２／ＥＲＦ转录因子超家族Ｋ要分成三个家族，分别足ＡＰ２家族、ＥＲＦ家族和ＲＡＶ家??族（图１－丨）。ＡＰ２家族中人多越因是由两个或者两个以上的ＡＰ２／ＥＲＦ结构域串联复??制的，山于少数仅包含１个Ａ....

图２－１森林草莓中￡／？／基因染色体定位

７号染色体上分布１７个基因，其：中包含３个串联复制基因群。这表明串联??Ｍ制可能足导致＇基因在基因组卜．分布小均匀的原因。森林草莓ＥＲＦ基因家族中个：??少有４０．７％?（３７／９１）的基因定位在染色体串联复制片段上（图２－１），由此可以推??断草萄ＥＲＦ基因家族的扩张在很大程度....

图２－４串联基因在１２个物种中的分布情况??Ｆｉｇｕｒｅ２－４?Ｔｈｅ?ｎｕｍｂｅｒ?ｏｆ?ｔａｎｄｅｍ?￡７？Ｆ?ｇｅｎｅｓ?ｉｎ?１２?ｓｐｅｃｉｅｓ??

含２个或２个以上的内含子，其中ｍｍａ３２０２０中包含８个内含子。这表明在拟南芥和草莓??分化后，ＥＲＦ家族基因在草莓物种中的复制可能伴随着更多的内含子插入。从蛋白水??平上分析，ＡＰ２／ＥＲＦ结构域长度为６０？７０个氨基酸，在ＥＲＦ蛋白上非常保守（附图２），??有１个ｏｔ螺旋和３....

图３－２?１４个串联复制基因在果实不同发育时期的表达情况

??ｍｒｎａ０８０７２和ｍｍａ０８０７５在果实早期发育时期的表达水平也较低（图３－２）。综上表明，??串联复制的基因在果实成熟阶段的表达水平与果实早期发育时期基本是一致的

本文编号：3917816