参与辣椒素合成的DnaJ基因家族全表达谱分析

发布时间：2024-04-08 01:29

　　背景:DnaJ蛋白在植物发育和胁迫反应中发挥重要作用。近年来,通过对辣椒基因组全面的生信分析鉴定到76个DnaJ基因。但目前尚无辣椒DnaJ基因系统发育关系和表达谱的研究报道。因此,我们对不同组织、非生物胁迫和激素响应下辣椒DnaJ基因的系统发育关系和表达谱进行了系统的分析。结果:系统发育分析显示,辣椒DnaJ基因按序列同源性可分为7个亚族(Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ、Ⅵ和Ⅶ亚族)。辣椒DnaJ基因在不同组织中的表达显示,38%(29/76)的辣椒DnaJ基因在至少一个组织中表达。结果表明,DnaJ基因在辣椒生长发育中具有潜在的关键作用。另外,为了解辛辣和非辛辣辣椒DnaJ基因在胎座中的表达差异,我们还利用RNA-Seq数据和qRT-PCR分析了辣椒DnaJ基因的表达模式。通过比较分析发现,8个基因在辛辣辣椒和非辛辣辣椒中的表达差异显著。CaDnaJs与胎座发育过程中参与辣椒素合成的基因共同表达。更重要的是,我们的研究揭示了这8个DnaJ基因可能受到胁迫(热、干旱和盐)的调控,同时也受到植物激素的调控(ABA,GA3,MeJA和SA)。结论:综上所述,部分在胎座中表达的DnaJ基因可能参与了植...

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【部分图文】：

图1CM334辣椒中76个CaDnaJ基因的系统发育关系

表1辣椒不同组织中表达的CaDnaJ基因亚族的组成Leaf%Root%Stem%Pericarp%Placenta%I10.0750.230.1760.2450.21III80.53100.4280.4490.369....

图2CM334辣椒中76个CaDnaJs的亚科组成

图1CM334辣椒中76个CaDnaJ基因的系统发育关系我们发现76个CaDnaJ基因中有29个在至少一个组织中表达([RPKM]≥5.0被认为表达)(附表2)。对各亚科组成的分析显示,CaDnaJ亚科在被测组织中的表达存在差异(表1)。第III亚族成员在被测组织中拥有超过34....

图3基于CM334转录组数据的CaDnaJ基因在植物组织中的表达调查

我们发现76个CaDnaJ基因中有29个在至少一个组织中表达([RPKM]≥5.0被认为表达)(附表2)。对各亚科组成的分析显示,CaDnaJ亚科在被测组织中的表达存在差异(表1)。第III亚族成员在被测组织中拥有超过34%的CaDnaJ表达(图3),尽管只拥有22%的CaDna....

图4CM334中不同组织中表达CaDnaJs的数量

表2辣椒不同组织中表达、优先表达和特异表达CaDnaJ基因的数量TypeLeafRootStemPericarpPlacentaExpressedCaDnaJs1524182524PreferentiallyexpressedCaDnaJs5....

本文编号：3948284