辣椒高密度遗传图谱构建与小孢子胚胎发生QTL定位

发布时间：2024-04-12 20:09

　　辣椒是世界范围内广泛栽培的一种重要蔬菜兼经济作物。辣椒应用基础研究相对滞后,可用的分子标记数量有限。大规模分子标记的开发和高密度辣椒种内完全连锁遗传图谱的构建对于辣椒现代育种具有重要的实际应用价值。单倍体培养技术在辣椒育种中具有重要的应用价值,小孢子培养是获得辣椒单倍体的重要途径,而部分基因型小孢子胚胎发生频率过低成为制约该技术应用的瓶颈。本研究基于辣椒基因组信息大规模开发分子标记,同时利用简化基因组测序技术和RIL群体构建了两张高密度完全连锁遗传图谱,并将小孢子胚胎发生能力作为一种表型性状,从分子遗传学角度解析基因型间小孢子胚胎发生差异的成因,挖掘调控小孢子胚胎发生的候选基因。研究结果如下:1.利用NCBI非冗余辣椒EST数据库,开发出可用的EST-SSR标记902个。基于辣椒基因组信息,共开发SSR标记177587个,包括基因区上下游SSR标记9182个;开发InDel标记4497个。2.从9182个基因组SSR和4497个InDel中选出平均分布于12条染色体的3356对基因组SSR引物和1400对InDel引物,以PM702和FS871为双亲构建的Fi0代RIL群体为作图群体,...

【文章页数】：149 页

【学位级别】：博士

【部分图文】：

图２－１亲本材料ＰＭ７０２?（Ａ）和ＦＳ８７１?（Ｂ）的田间图片??Ｆｉｇ．２－１?Ｐｈｏｔｏｇｒａｐｈｓ?ｏｆ?ｐａｒｅｎｔａｌ?ｌｉｎｅｓ?ＰＭ７０２?（Ａ）?ａｎｄ?ＦＳ８７１?（Ｂ）．??

ＦＳ８７１是一个栽培型甜椒自交系，由北京市农林科学院蔬菜研宄中心辣椒育种课题组??选育而成，属于植株中等高度，莖叶表面无表皮毛，叶片大，首花??节位１０节，中熟，果实深绿色，方灯笼型，高感疫病、高感南方跟结线虫（图２－１）。ＰＭ７０２??为从美国引进的一份野生型辣椒材料，也属于Ｃ....

图３－１?ＳＬＡＦ标签在参考基因组各染色体上的分布??注：横叱标为染色体氏度，每一个箝色条带代表一条染色体，按照１Ｍ的大小对基闪组进行了划分，每个ｗｉｎｄｏｗ内的ＳＬＡＦ??

对参考物种基因组序列进行电子酶切预测，根据酶切方案选择原则，选择／／ａｅｌｌｌ酶，??酶切片段长度在３１４－３９４?ｂｐ的序列定义为ＳＬＡＦ标签，预测可得到１６２３７１个ＳＬＡＦ标签（图??３－１；表３－２）。从图３－１可以看出ＳＬＡＦ标签在基因组各染色体上分布基本均匀，表明酶切....

图３－２ＳＬＡＦ标签（Ａ）和多态性ＳＬＡＦ标签（Ｂ）在染色体上的分布??注：横坐标和纵平标分別为染色体?

?第三章基于简化基因组测序技术的辣椒高密度遗传图谱的构建??测序深度为２８．２６Ｘ，子代平均测序深度为９．０５Ｘ?（表３－５）。ＳＬＡＦ标签几乎均匀分布在１２??条染色体上（图３－２Ａ；表３－６）。其中，１１号染色体上ＳＬＡＦ标签最多，高达２８１８６个，８??号染色体上包含的ＳＬ....

图３－３各个分型方式的ＳＬＡＦ标签的数量??Ｆｉｇｕｒｅ?３－３．?＂Ｎｕｍｂｅｒ?ｏｆ?ＳＬＡＦｓ?ｉｎ?ｅａｃｈ?ｓｅｇｒｅｇａｔｉｏｎ?ｐａｔｔｅｒｎｓ．??

?２Ｃ０Ｍ?２５０Ｍ??图３－２ＳＬＡＦ标签（Ａ）和多态性ＳＬＡＦ标签（Ｂ）在染色体上的分布??注：横坐标和纵平标分別为染色体长度和染色体编兮，每一个黄色条带代表一条染色体，按照１?Ｍ的大小对革闪组进行了划分．??颜色越深，ＳＬＡＦ标签越多。??Ｆｉｇｕｒｅ?３－２．?Ｔｈｅ?ｄ....

本文编号：3951905