匍匐翦股颖高温响应microRNAs的鉴定及差异表达分析

发布时间：2024-04-21 14:56

　　匍匐翦股颖(Agrostis stolonifera)属多年生草本植物,广泛分布于寒带、温带及亚热带地区,是重要的城市绿化植被及造景材料。在全球气候变暖的环境下,高温胁迫成为限制匍匐翦股颖生长的重要逆境因素。MicroRNA(miRNA)是一类内源非编码、单链小分子RNA,它通过转录后翻译抑制或剪切降解等途径负调控其对应靶基因的表达,参与了多种生理活动过程,其中包括对干旱、冷害、盐胁迫等逆境的响应。本研究以耐热型匍匐翦股颖草坪草品种PennA4为材料,采用新一代高通量测序技术,分析了PennA4高温胁迫处理组(HS)和对照组(C)两个小RNA文库,共鉴定获得192个保守的成熟niRNA序列,其中84个为高温响应miRNA成熟序列,相对表达差异最高达近7倍。进一步二级结构预测分析,鉴定得到10个新miRNA成熟序列,其中4个为高温响应miRNA。荧光实时定量PCR分析了15个高温响应miRNA在高温胁迫过程中的表达,呈现持续升高、持续下降、先升后降或先降后升4种模式。对高温响应miRNA进行靶基因预测,GO基因功能注释显示,相关基因功能主要涉及生物过程、细胞组分和分子功能3个大分支和41...

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【学位级别】：硕士

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摘要
ABSTRACT
1. 引言
    1.1. 植物高温抗性研究
        1.1.1. 高温危害
        1.1.2. 植物高温响应生理生化机制
        1.1.3. 植物高温响应分子机制
    1.2. 植物miRNA研究
        1.2.1. miRNA的发现和合成
        1.2.2. miRNA作用机制
        1.2.3. miRNA功能
    1.3. 植物高温响应miRNAs
    1.4. 草坪草miRNA研究
    1.5. 立项依据及研究目的
    1.6. 技术路线
2. 材料与方法
    2.1. 植物材料
    2.2. 总RNA的提取和检测
    2.3. 小RNA的提取及检测
        2.3.1. small RNA的提取
        2.3.2. small RNA的Poly(A)加尾
        2.3.3. small RNA第一链cDNA合成及检测
    2.4. 小RNA文库的构建和高通量测序
    2.5. 小分子RNA生物信息学分析
        2.5.1. 初级分析
        2.5.2. sRNAs注释
    2.6. 高温响应miRNA鉴定
    2.7. 高温响应miRNA靶基因预测及功能分析
        2.7.1. 高温响应miRNA靶基因预测
        2.7.2. 高温响应miRNA靶基因功能分析
    2.8. 高温响应miRNA与靶基因表达模式分析
3. 结果与分析
    3.1. 小RNA的提取
    3.2. 小RNA高通量测序
        3.2.1. 小RNA分析
        3.2.2. 小RNA长度分布统计
        3.2.3. 小RNA分类
    3.3. 匍匐翦股颖miRNA鉴定
        3.3.1. 匍匐翦股颖保守miRNA的鉴定
        3.3.2. 匍匐翦股颖中新miRNA的预测
    3.4. 匍匐翦股颖高温响应miRNA靶基因的预测与通路分析
        3.4.1. 匍匐翦股颖高温响应miRNA鉴定
        3.4.2. 匍匐翦股颖高温响应miRNA靶基因预测
        3.4.3. 匍匐翦股颖高温响应miRNA靶基因通路分析
    3.5. 高温响应miRNA与靶基因表达模式分析
        3.5.1. 高温响应miRNA表达模式分析
        3.5.2. 高温响应miRNA靶基因表达模式分析
4. 讨论
    4.1. 匍匐翦股颖小RNA组成及高温响应特征
    4.2. 匍匐翦股颖保守miRNA
    4.3. 匍匐翦股颖高温响应miRNA
    4.4. 匍匐翦股颖高温响应miRNA、靶基因与通路分析
5. 结论与展望
参考文献
附图
个人简介
导师简介
获得成果目录
致谢



本文编号：3961041