基于转录组的萝卜SNP标记开发及其在种质鉴定中的应用

发布时间：2024-04-26 21:17

　　萝卜(Raphanussativus L.)是原产于我国的一种重要十字花科根菜类蔬菜作物,具有较高营养和药用价值。单核苷酸多态性(SNP)是基因组中特定位点单个核苷酸的变异,SNPs在生物基因组中分布广泛且数量巨大,且SNP标记已越来越广泛地被应用于基因定位、图位克隆及标记辅助选择等研究。新一代测序(NGS)技术可高效获得大量可信转录序列,可为SNPs的鉴定及SNP标记大规模开发提供可靠序列来源。目前,基于转录组测序进行SNP标记开发的方法已成功应用于水稻、小麦、白菜和甘蓝等作物的遗传育种研究中,且较二代分子标记显示出巨大优势。但该方法在萝卜中的应用还未见报道,致使萝卜遗传育种可用分子标记数量远少于其它作物。鉴于此,本研究以萝卜转录组测序获得的大量unigenes为基础,利用生物信息学方法鉴定出大量SNPs,进而根据SNP位点信息开发CAPS/dCAPS标记,并应用于萝卜遗传多样性分析和种质鉴定。取得主要研究结果如下:1.将‘NAU-LB’经Illumina测序获得的短序列与参考转录组进行序列比对,成功检索到位于 10,775 条 unigenes 上的 56,809 个 SNPs。其...

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【学位级别】：硕士

【部分图文】：

图１－２?ｄＣＡＰＳ标记原理图??斜体加粗字母代表突变碱基；斜体、加粗、下划线字母代表引入的错配碱基??Ｆｉｇ．?１－２?Ｓｃｈｅｍａｔｉｃ?ｉｌｌｕｓｔｒａｔｉｏｎ?ｏｆ?ｔｈｅ?

变的ＳＮＰｓ。ｄＣＡＰＳ标记中，通过在引物中引入一个或多个错配碱基，而将包含ＳＮＰ??位点的限制性内切酶识别位点引入到ＰＣＲ产物中，再利用限制性内切酶消化酶切产??物，通过凝胶电泳结果来判断ＳＮＰｓ的有无（Ｎｅｆｆ?ｅｔａｌ．，?１９９８）。该标记原理如图１－２??所示，由于酶的....

图２－４不同ＣＡＰＳ引物在４个基因型萝卜中的扩增酶切结果??

根据表２－３各限制性内切酶出现频次，结合各种酶的通用性，对ＳＮＰｓ引起ＩＩＩ、??￡ｃｏＲＩ、／／ａｅｌｌｌ、７＾１、所紅１、Ｕａｌ、＆／１、Ｐ对?Ｉ?和?＜ＳａｃＩ?这?１０?种限制性??内切酶识别位点改变的序列设计ＣＡＰＳ引物。这１０种酶的理论可用次数如图２－４所示，??共设....

图２－６不同ｄＣＡＰＳ引物在８个基因型萝卜中的扩增酶切结果??

ＳＮＰ位点处的碱基不同。为验证ＣＡＰＳ标记开发的准确性，共用１０对引物扩增并克??隆测序了?２０条序列，结果表明，每对组合两条序列在ＳＮＰ位点处的碱基均不同，部??分测序结果如图２－８所示。??■?．?ｊ?．??Ａ?Ｇ?Ｇ?ＡＴ?Ｃ?Ｃ?Ａ?Ａ?Ａ?Ａ?Ｔ?Ｇ?Ａ?Ｇ?Ｃ?Ｃ?Ａ....

图2-7CAPS引物SNP位点测序结果

．．?．■丨＜（，＾＾壓?＇??＇＂；，?＇－Ｉ?＂??ＡＢＣ??图２－６不同ｄＣＡＰＳ引物在８个基因型萝卜中的扩增酶切结果??１－８：不同基因型萝卜；Ａ－Ｃ：＆／Ｉ、Ｍｎｆｌ和ｉｆｏｅｌｌｌ酶切结果??Ｆｉｇ．?２－６?Ｄｉｇｅｓｔｉｏｎ?ｒｅｓｕｌｔｓ?ｏｆ?ＰＣＲ?ｐｒｏｄ....

本文编号：3964888