尖孢镰刀菌西瓜专化型分子检测技术的建立及其效应子的初步鉴定

发布时间：2024-05-11 04:53

　　目前,对于西瓜枯萎病的防治主要依靠化学药剂,但药剂残留严重,危害人类的健康,破坏全球环境。因此,加快西瓜枯萎病致病机理的研究是寻找有效防治方法的重要前提。效应子基因在病原菌侵染植物过程中起到关键的作用,对效应子基因进行初步功能研究,有助于在分子水平上了解病原菌的致病机制,为西瓜枯萎病菌的防治提供理论依据。本研究主要包括以下几个方面:1.在对全基因组测序和重测序的基础上,基于生物信息学分析结果,筛选出115个西瓜专化型的特异基因组片段。对其中2个最长的基因组片段设计引物,经过常规PCR反应,筛选并鉴定出FOW-2F/FOW-2R、FOW-3F/FOW-3R、FOW-4F/FOW-4R和FOW-6F/FOW-6R引物,可快速检测出西瓜枯萎病菌。结合西瓜枯萎病菌特异性引物和尖孢镰刀菌通用引物,设计一个双重PCR体系,可准确、快速检测出FOW;2.在全基因组测序的基础上,对基因组进行组装和注释。其中,FOW1的N50达到了2.16M。通过生物信息学分析,筛选出FOW1可能的分泌蛋白有137个。再用BLASTZ对FOW0、FOW1和FOW2进行比较基因组分析,鉴定出FOW1可能的效应子有27个。...

【文章页数】：55 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

图2.1特异性引物扩增产物电泳检测图

FOW-6R/FOW-6F可从西瓜枯萎病菌中扩增出547bp的基因组片段，它们的PCR扩增产物的电泳图如图2.1所示1234567891011121314151617181234567891011121314....

图2.2引物特异性鉴定电泳检测图

进行PCR扩增。琼脂糖凝胶电泳结果如图2.2所示，对于西瓜枯萎病菌的特异性引物，西瓜枯萎病菌可特异性的扩增出相同片段长度的条带，而尖孢镰刀菌其他专化型和外围菌株均不能扩增出条带。而对于尖孢镰刀菌通用引物W106R/W106S，西瓜枯萎病菌菌株和尖孢镰刀菌其他专化型菌株可....

图2.3双重PCR体系电泳检测图

图2.3双重PCR体系电泳检测图Fig.2.3ThegelelectrophoresisofPCRproductsofMultiplex-PCRamplification1和25:Trans2KPlusDNAMarker；2-8：西瓜枯萎病菌....

图3.1FOW1的家族基因分析

FOW258.312461.030.476我们对组装的基因组进行了基因结构及功能的注释，在FOW1中我们一共注释了17，84基因，图3.1中显示的是预测基因的家族基因分析，我们列出了FOW1中数目最多的前30因家族。

本文编号：3969549