香蕉枯萎病菌侵染巴西蕉和宝岛蕉差异转录组分析

发布时间：2024-05-16 05:50

　　香蕉枯萎病是世界香蕉产业的毁灭性病害。目前,多数香蕉转录组研究样本均是香蕉幼苗,本论文通过RNA-Seq技术研究发病蕉园中花芽分化期抗病品种宝岛蕉和感病品种巴西蕉根部组织之间的转录组差异,以期获得与香蕉枯萎病抗性密切相关的重要基因。分别以幼苗期和花芽期香蕉根系为样本,运用实时荧光定量PCR的方法,对10个抗病相关基因进行了表达分析,并探讨了其抗病机理。本研究为丰富现有香蕉转录组数据库、发掘宝岛蕉抗枯萎病相关基因及探讨宝岛蕉抗枯萎病机理奠定了基础。主要结果如下:(1)发病蕉园巴西蕉和宝岛蕉花芽分化期香蕉根样经过转录组测序,在巴西蕉中得到17773064×2条高质量序列,有26917421条高质量序列能注释到香蕉基因组;在宝岛蕉中得到20083619×2条高质量的序列,有28353810条高质量序列能注释到香蕉基因组。通过与GO、COG和KEGG数据库比对,得到25029条序列被注释到GO的三大分类中,9461条序列被注释到COG的23个功能分类中,及10598条序列注释到290条KEGG通路中。(2)通过对巴西蕉和宝岛蕉两个香蕉样本的转录组进行比较分析,我们得到107个差异表达基因,其中...

【文章页数】：72 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

图３－１原始数据的巧基与质貴分布图??Ｆｉｇ．３－１??

?１７７７３０６４＊２?３，３４１，３３６，０３２??从图３－１可知，上述所获得的测序数据达到后续的分析要求。对于双端测序数据??的评估结果如图３－１所示，由碱基在序列中的分布图（图３－１－Ａ）可见，每个位置上??Ａ、Ｃ、Ｇ、Ｔ在开始有所波动，之后会趋于稳定。一般情况下Ａ与Ｔ相等....

图３－２?ＧＯ功化分类??Ｆｉｇ．３－２?ＧＯ?Ｉｎｕｎｃｔｉｏｎ?Ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ??注：图中横坐标表示ＧＯ的二级分类术语，左边纵坐标表示包含在该二级分类中的ｉｓｏｇｅｎｅ占总数的百分比，??

３丄３?ＧＯ功能分类??用ＧＯ数据库对测序得到的基因进行基于序列同源性的功能分类，通过Ｂｌａｓｔｓ?ＧＯ??软件，可快速得到高质量数据的ＧＯ分类结果（图３－２）。我们对质控后的高质量序??列进行了?ＧＯ功能注释，结果发现共有２５０２９个序列被分配到生物过程（Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ?....

图3一表达童(FPKMscores)分?

Ｆｉｇ．３－５?Ｔｈｅ?ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ?ｏｆ?ＦＰＫＭ?ｓｃｏｉ＊ｅｓ?ａｎｄ?ｖｉｓｕａｌｉｚａｔｉｏｎ?ｏｆ?ａｖｅｒａｇｅ?ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ?ｌｅｖｅｌ?ｉｎ?ｓａｍｐｌ注；图中Ａ为宝岛蕉样本，Ｂ为己西蕉样本。（ａ）表达量（ＦＰＫＭｓｃｏｒｅｓ）分布图，横坐标....

图３－６差异表达的可视化图??巧３．３－６?Ｔｈｅ?ｖｉｓｕａｌ?ｍａｐ?ｏｆ?（ＩＨＴｃｒｅｎｔｉａｌｌｙ?ｅｘｐｒｅｓｓｅｄ??注：Ａ为宝岛蕉样本，Ｂ为己西蕉样本，??

巧３．３－６?Ｔｈｅ?ｖｉｓｕａｌ?ｍａｐ?ｏｆ?（ＩＨＴｃｒｅｎｔｉａｌｌｙ?ｅｘｐｒｅｓｓｅｄ??注：Ａ为宝岛蕉样本，Ｂ为己西蕉样本，??从表达量（ＦＰＫＭ?ｓｃｏｒｅｓ）分布图和样品平均表达状况可视化图（图３－５）可见，??己西蕉和宝岛蕉根部的两个转录组虽然高度一致，但仍存....

本文编号：3974784