基于个性化肿瘤HLA-Ⅰ类新生抗原肽预测模型的改进研究

发布时间：2024-02-22 00:21

　　疫苗因其能够激活免疫系统以预防或治疗感染和一些其他疾病而对人类健康有着重要的影响,然而预防性的癌症疫苗目前仅对病毒来源的癌症有效,如人类乳头瘤病毒介导的宫颈癌。Sipuleucel-T疫苗是美国食品药品管理局(FDA)首个批准的治疗性的癌症疫苗,对前列腺癌的治疗也并没有取得预期的良好效果。与其他的免疫疗法相比,例如免疫检查点抑制(CPB,immune checkpoint blockade)、过继T细胞疗法(Adoptive cell transfer,ACT)以及抗原嵌合受体疗法(Chimeric antigen receptors,CARs)相比,大多数疫苗都不能引起显著的临床效果。肿瘤新抗原疫苗是近年来开发出的一种有效的癌症疫苗,也是目前最具前沿性的抗肿瘤疫苗技术之一,接种新抗原疫苗既可以扩大已有的新抗原特异性T细胞群,又可以在癌症患者中诱导更广泛的新型T细胞特异性,增强肿瘤的抑制。同时新抗原疫苗与其他免疫疗法如PD-1/PD-L1联合治疗效果更加显著,使得新抗原疫苗研制成为时下的抗肿瘤研发的热点,尤其是筛选肿瘤新抗原肽的技术成为了疫苗制备的关键。新一代测序技术极大推动了新抗原疫...

【文章页数】：52 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
abstract
第一章 引言
    1.1 研究背景
    1.2 肿瘤抗原及新抗原简介
    1.3 抗原的提呈
    1.4 主要组织相容性复合物与TCR
    1.5 肿瘤新抗原疫苗研究现状
    1.6 研究目的及意义
    1.7 论文章节概述
第二章 肿瘤新抗原预测常用生物信息学软件及展望
    2.1 抗原肽提呈过程研究中常用的一些生物信息学软件
    2.2 新抗原肽筛选流程及常用的管道(pipeline)
        2.2.1 基于MHC-多肽结合预测的新抗原筛选流程
        2.2.2 基于MHC-结合肽的质谱新抗原筛选
    2.3 肿瘤新抗原特征及如何进一步筛选预测的新抗原
    2.4 非编码区筛选新抗原—新的希望
    2.5 目前新抗原预测存在的问题
    2.6 本章小结
第三章 T-cell HLA class Ⅰ类抗原表位或新抗原表位免疫原性预测新方法(INeo-Epp)
    3.0 人类白细胞抗原HLA人群频率分布
    3.1 HLA超型概念
    3.2 阳性阴性数据集选取中免疫原性表位与非免疫原性表位界定
    3.3 材料与方法
        3.3.1 数据收集:实验验证抗原表位,外部验证集抗原表位及新抗原表位的收集
        3.3.2 表位免疫原性预测方法构建(特征选取+特征过滤+模型构建)
    3.4 抗原预测与新抗原预测模型构建归总
    3.5 结果
        3.5.1 抗原表位分类预测模型
        3.5.2 新抗原表位分类预测模型
    3.6 INeo-Epp简介及使用流程
        3.6.1 如何使用INeo-Epp
    3.7 本章小结
第四章 总结与展望
    4.1 课题小结
    4.2 课题创新点
    4.3 未来研究拓展
参考文献
符号表
科研成果及参加的学术会议
致谢



本文编号：3906111