线粒体DNA单核苷酸多态性（SNPs）微测序检测方法的研究

发布时间：2018-09-14 17:08

【摘要】： 目的:采用微测序(minisequenting)方法建立线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)控制区和编码区共21个单核苷酸多态性(SNPs)位点的复合检测方法:为线粒体DNA的快速复合检测及结果解释提供参考依据。 方法:从前期课题检测的汉族、瑶族、藏族等民族样本的SNP位点中选择高变SNP位点(频率＞0.2)联合同一个体不同组织检出的异质性SNP位点,建立SNaPshot检测方法并对其进行优化。收集26份组织样本(两个个体,每个个体13份样本,包括血液、心、肝、脾、肺、肾、胰、脑、肌肉、皮肤、指甲及毛发)、2名无关个体样本、日常案件检验中的9份检材以及9份动物样本,采用优化后的SNaPshot检测方法对所有样本进行法医学应用有效性验证:同时对所有样本进行测序,将SNaPshot检测方法与直接测序法的检验结果进行比对。 结果:本研究中SNaPshot检测结果与测序结果一致:且SNaPshot检测具有种属特异性、组织同一性等特点 结论:SNaPshot可快速检测线粒体DNA的单核苷酸多态性,方便、经济、灵敏度高且自动化程度高,可为法医学应用领域线粒体DNA单核苷酸多态性提供一种便宜的检测方法。
[Abstract]:Objective: to establish a complex method for the detection of 21 single nucleotide polymorphisms (SNP) (SNPs) loci in mitochondrial DNA (mitochondrial DNA,mtDNA (mtDNA) control region and coding region by microsequencing (minisequenting), and to provide a reference for rapid compound detection and interpretation of mitochondrial DNA. Methods: from the SNP loci of Han, Yao and Tibetan nationalities tested in the previous study, the high variable SNP locus (frequency > 0.2) and heterogeneity SNP loci detected in different tissues of the same body were selected, and the SNaPshot detection method was established and optimized. Two unrelated samples were collected from 26 tissue samples (2 individuals, 13 samples each, including blood, heart, liver, spleen, lung, kidney, pancreas, brain, muscle, skin, nails and hair). Nine samples and nine animal samples from routine cases were tested by optimized SNaPshot method to verify the validity of forensic application: all samples were sequenced at the same time. The results of SNaPshot detection and direct sequencing were compared. Results: in this study, the results of SNaPshot detection were consistent with those of sequencing. The results showed that SNaPshot detection had the characteristics of species-specific and tissue identity. Conclusion: the single nucleotide polymorphism of mitochondrial DNA can be detected quickly by using SNaPshot. It is convenient and economical to detect the single nucleotide polymorphism of mitochondrial DNA. High sensitivity and high automation can provide a cheap method for the detection of mitochondrial DNA single nucleotide polymorphisms in forensic applications.
【学位授予单位】：山西医科大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2007
【分类号】：D919

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