Sphingobium sp. BHC-A中六六六异构体降解基因的克隆与降解途径的研究

发布时间：2020-06-05 00:20

【摘要】： 六六六(HCH)是一种曾经在世界范围内广为使用的有机氯杀虫剂，主要包含α，β，γ和δ四种异构体。由于其具有高毒性和高稳定性，给环境带来了严重的污染。Sphingobium sp.BHC-A是一株六六六降解菌，可以在有氧条件下完全降解六六六的四种异构体，尤其对于β和δ两种异构体具有高效降解能力。本文旨在从Sphingobium sp.BHC-A中克隆出相应的降解α、β、γ和δ四种异构体的基因，并阐明其降解方式与降解途径。利用PCR的方法，以BHC-A菌株的基因组DNA为模板，扩增出了8个与降解α和γ六六六相关的lin基因：linA、linB2、linC2、linD2、linE2、linF2、linX2与linR2，并测定各基因的核苷酸序列。结果表明这些基因与GeneBank上登陆的α和γ六六六降解基因的同源性均在98％以上，证明降解α与γ异构体的基因具有高度的保守性，同时也证明了在BHC-A菌株体内存在着一条由这8个降解基因组成的能够将α与γ异构体降解为β-酮己二酸的降解途径，该途径与报道的α与γ异构体降解途径相一致。通过Tn5转座子插入突变法将自杀性质粒pKTY320中的Tn5转座子插入到六六六降解菌Sphingobium sp.BHC-A中，经过初筛和复筛获得了一株完全丧失β异构体降解功能突变株BHC-A45。采用高盐沉淀蛋白质法从中抽提到高质量的基因组DNA.采用鸟枪法构建基因组DNA文库，筛选到一个含有转座子序列的阳性克隆pBHC1.对阳性克隆中转座子侧翼进行测序，结果发现Tn5正好插入linB2基因的341位核苷酸处。利用PCR的方法扩增出linB2基因，将其连接到广宿主载体pBBR1MCS-5上得到pBBR1MCS-5A，通过三亲结合的方法将其导入突变子BHC-A45中，进行功能互补实验。结果显示突变子BHC-A45中在转入了重组质粒pBBR1MCS-5A后，β异构体降解功能得到了恢复。将linB2基因连接到表达载体pET29a上，转化E.coli BL21，获得的阳性克隆显示出了降解β异构体的活性．实验结果说明linB2基因就是β异构体的降解基因。经诱导后linB2基因可以在E.coli BL21中实现高效表达。利用GC／MS与NMR对UnB2转化β异构体的产物进行的分析，证明β异构体首先被转化为β-五氯环己醇(β-PCHL)，β-PCHL继续被LinB2转化生成β-2，3，5，6-四氯-1，4-环己二醇(β-TDOL)。β-TDOL不仅是LinB2转化的终产物，也是Sphingobium sp.BHC-A降解β异构体的终产物。 LinB2对于d异构体也具有类似于β异构体的转化活性，实验证明该酶可以将d异构体首先转化为d-五氯环己醇(d-PCHL)，再继续转化d-PCHL生成产物d-2，3，5，6-四氯-1，4-环己二醇(d-TDOL)，d-TDOL可以继续被Sphingobium sp.BHC-A所降解。对于α和γ异构体，LinB2没有显示出转化活性。通过PCR的方法从BHC-A基因组中克隆出linA、linC2、linD2和linX2基因，将这些基因分别连接到表达载体pET29a上，在E.coli BL21中进行表达。在表达产物中只有LinA显示出对于d异构体具有转化活性。GC／MS证明LinA可以将d异构体连续脱去2个氯化氢分子，产生中间产物δ-五氯环己烯(d-PCCH)与不稳定终产物d-1，3，4，6-四氯-1，4-环己二烯(d-1，4-TCDN)。d-1，4-TCDN在没有其他酶催化的情况下会自发脱去1个氯化氨分子生成终产物1，2，4-三氯苯(1，2，4-TCB)。LinB2可以以d-PCCH作为底物，经过连续的两步水解脱氯作用，经历一个未知的中间产物，生成d-2，3，5-三氟-5-环己烯-1，4-二醇(d-2，3，5-TCDL)。同时LinB2还可以以d-1，4-TCDN作为底物，经过连续的两步水解脱氯作用，，产生中间不稳定产物d-2，4，5-三氯-2，5-环己二烯-1-醇(d-2，4，5-DNOL)生成d-2，5-二氯-2，5-环己二烯-1，4-二醇(d-2，5-DDOL)。d-2，4，5-DNOL在反应中会自发脱去1个氯化氢分子生成终产物2，5-二氯苯酚(2，5-DCP)。LinA与LinB2组成了一个网络状的d异构体降解途径。d-2，5-DDOL为终产物，Sphingobium sp.BHC-A对其没有降解活性。而d-2，3，5-TCDL则可以被Sphingobium sp.BHC-A继续降解。
【图文】：

质粒,送样,循环反应,碱法

以BHC一A菌株的基因组DNA为模板进行PCR扩增，得到了明显的特异性片段(图1一ZC)。回收的PCR产物与pMD18一 TVeetor相联，转化五 eoljDH5a，涂布转化子到含有 IO0mg/LAmp的LB平板上，挑取白色菌落，碱法抽提其质粒(图1一ZA)。酶切验证插入片断的大小(图1一ZB)，阳性克隆命名为P18A，送样测序。PCR反应条件:95℃预变性smin~94℃变性lmin一62℃退火305一72℃延伸305，循环反应29次~72℃延伸smin一4℃保温。二3二309::6协、J心，‘飞36!2322苏Glbp2000 103(-750500250100图1一Zt组质粒p，8^的酶联、陇切圈Figl· 2Plas而 dsPro川 esofP18AMl，入廿五月 d111maker:A，质粒p18A:B

酶切图,酶切图,重组质粒,送样

以BHC一A菌株的基因组DNA为模板进行PCR扩增，得到了明显的特异性片段(图l一3C)。回收的PCR产物与 pMD18一 TVeetor相联，转化云 eoljDH5a，涂布转化子到含有 100mg/LAmp的LB平板上，挑取白色菌落，碱法抽提其质粒(图1一3A)。酶切验证插入片断的大小(图1一3B)，阳性克隆命名为p18B2，送样测序。PCR反应条件:95，C预变性smin~94，C变性lmin一68，C退火305~72，C延伸lmin，循环反应29次一72℃延伸smin一4℃保温。了InBZ序列测定
【学位授予单位】：南京农业大学
【学位级别】：博士
【学位授予年份】：2006
【分类号】：Q78;X592

【参考文献】