基于分子对接的漆酶和辣根过氧化物酶与酚类污染物相互作用机制的研究
发布时间：2021-11-19 02:15
利用污染物降解酶处理环境污染是高效和绿色的污染控制方法,是当前环境保护研究的热点。实验研究为利用生物酶处理污染物提供了科学依据,但是难以探究酶和污染物相互作用的分子机制。分子对接能研究分子间的微观相互作用,因此将分子对接技术应用于研究环境保护领域的污染物降解酶对污染物的作用机制,对于探讨污染物降解酶和污染底物的结合模式和相互作用,深入理解污染物的酶解过程非常重要,是解决环境问题的新方法和新思路。分子对接技术起初应用于医药领域的虚拟筛选和药物设计,是一种可以对受体和配体的结合模式进行预测和优化的方法。分子对接运算速度快而且结果可靠,不仅可以揭示受体和配体结合的合理分子机制,还能节省科研经费和实验精力。本研究利用分子对接方法,选取典型的污染物降解酶Trametes versicolor（T.versicolor）漆酶和辣根过氧化物酶（horseradish peroxidase,HRP）,分别研究了T.versicolor漆酶与壬基酚（NP）、辛基酚（OP）和氯酚（CP）以及HRP与CP的相互作用情况,从结合模式、空间相互作用、总相互作用、结合亲和力、氢键、疏水作用等方面研究了污染降解酶和...
【文章来源】：湖南大学湖南省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：166 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
T.versicolor漆酶与壬基酚对接示意图
57. 6 T. versicolor 漆酶和壬基酚同分异构体对接复合物中的氢键和疏水B，C，D，E，F，G，H，I，J 和 K 分别表示 LAC-2NP，LAC-3NP，L
酶蛋白结构经过 MVD 软件的分子准备功能进行评估和优化处理。3.2.2 辛基酚同分异构体结构（1）辛基酚结构的准备OPs 结构来自于 PubChem 数据库 https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/。OP 同分异构体性质来自 CAS 数据库 http://www.cas.org/，详细信息如表 3.1 和表 3.2。（2）辛基酚结构能量最小化处理OP 同分异构体结构运用 Austin Model1 方法进行能量最小化处理[149]。3.2.3 Trametes versicolor 漆酶与辛基酚同分异构体的分子对接分析方法本研究通过分子对接方法，探讨了 T. versicolor 漆酶与 OPs 结合的相互作用情况，根据 T. versicolor 漆酶和 OPs 对接构象通过打分函数排序，得出最佳对接构像。通过考察 T. versicolor 漆酶和 OPs 结合的复合物构像轮廓和结合取向、空间作用能量、结合亲和力、氢键、疏水作用等，多角度分析漆酶和 OPs 相互作用的机制。T. versicolor 漆酶与 OPs 的对接示意图如图 3.1。
【参考文献】：
期刊论文
[1]超顺磁性氧化石墨烯复合材料固定辣根过氧化物酶催化去除氯酚（英文）[J]. 常青,江国栋,唐和清,李娜,黄佳,吴来燕. 催化学报. 2015(07)
[2]南极假丝酵母在纳米聚苯乙烯上的共价固载及其在微波辅助酯化反应中的应用（英文）[J]. Attaullah Bukhari,Ani Idris,Madiha Atta,Teo Chee Loong. 催化学报. 2014(09)
[3]漆酶/香草醛体系生物降解毒死蜱影响因素的研究[J]. 汪敏敏,赵林果,谢慧芳. 环境污染与防治. 2012(08)
[4]Photocatalytic degradation of 4-chlorophenol under P-modified TiO2/UV system: Kinetics, intermediates, phytotoxicity and acute toxicity[J]. Kais Elghniji,Olfa Hentati,Najwa Mlaik,Ayman Mahfoudh,Mohamed Ksibi. Journal of Environmental Sciences. 2012(03)
[5]漆酶催化氧化水中有机污染物[J]. 李阳,蒋国翔,牛军峰,王颖,呼丽娟. 化学进展. 2009(10)
本文编号：3504079
【文章来源】：湖南大学湖南省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：166 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
T.versicolor漆酶与壬基酚对接示意图
57. 6 T. versicolor 漆酶和壬基酚同分异构体对接复合物中的氢键和疏水B，C，D，E，F，G，H，I，J 和 K 分别表示 LAC-2NP，LAC-3NP，L
酶蛋白结构经过 MVD 软件的分子准备功能进行评估和优化处理。3.2.2 辛基酚同分异构体结构（1）辛基酚结构的准备OPs 结构来自于 PubChem 数据库 https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/。OP 同分异构体性质来自 CAS 数据库 http://www.cas.org/，详细信息如表 3.1 和表 3.2。（2）辛基酚结构能量最小化处理OP 同分异构体结构运用 Austin Model1 方法进行能量最小化处理[149]。3.2.3 Trametes versicolor 漆酶与辛基酚同分异构体的分子对接分析方法本研究通过分子对接方法，探讨了 T. versicolor 漆酶与 OPs 结合的相互作用情况，根据 T. versicolor 漆酶和 OPs 对接构象通过打分函数排序，得出最佳对接构像。通过考察 T. versicolor 漆酶和 OPs 结合的复合物构像轮廓和结合取向、空间作用能量、结合亲和力、氢键、疏水作用等，多角度分析漆酶和 OPs 相互作用的机制。T. versicolor 漆酶与 OPs 的对接示意图如图 3.1。
【参考文献】：
期刊论文
[1]超顺磁性氧化石墨烯复合材料固定辣根过氧化物酶催化去除氯酚（英文）[J]. 常青,江国栋,唐和清,李娜,黄佳,吴来燕. 催化学报. 2015(07)
[2]南极假丝酵母在纳米聚苯乙烯上的共价固载及其在微波辅助酯化反应中的应用（英文）[J]. Attaullah Bukhari,Ani Idris,Madiha Atta,Teo Chee Loong. 催化学报. 2014(09)
[3]漆酶/香草醛体系生物降解毒死蜱影响因素的研究[J]. 汪敏敏,赵林果,谢慧芳. 环境污染与防治. 2012(08)
[4]Photocatalytic degradation of 4-chlorophenol under P-modified TiO2/UV system: Kinetics, intermediates, phytotoxicity and acute toxicity[J]. Kais Elghniji,Olfa Hentati,Najwa Mlaik,Ayman Mahfoudh,Mohamed Ksibi. Journal of Environmental Sciences. 2012(03)
[5]漆酶催化氧化水中有机污染物[J]. 李阳,蒋国翔,牛军峰,王颖,呼丽娟. 化学进展. 2009(10)
本文编号：3504079
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