两核苷酸实时合成测序技术及其应用研究
发布时间：2020-12-21 11:44
DNA测序技术是进一步研究和改造目的基因的基础,是现代生物学研究中重要的手段之一,在生命科学等领域有着广泛应用。本论文基于不同类型的核苷酸参与合成反应产生相同检测分子的原理,提出一种两核苷酸实时合成测序新技术,为高通量DNA实时合成测序提供一种增加DNA测序阅读长度的策略；同时也为PCR产物的实时分析提供一种新方法。本论文的主要研究内容和成果如下：1.两核苷酸实时合成测序技术的原理及特征与传统焦磷酸测序技术（简称焦测序技术）不同,该测序技术不是直接读取具体的碱基信息,而是通过解码序列的编码信息来确定待测序列,这些编码包含参与合成反应的核苷酸类型和数目。首先,从理论上探讨该测序技术的可行性；A、G、C和T四种碱基,能形成六种不同的两核苷酸组合：AG、AC、AT、GT、CT和CG,这六种不同的两核苷酸组合能形成三组两核苜酸测序循环加入方式（AG/CT、AC/GT和AT/CG）。对任意一条待测序列而言,从三组测序方式（AG/CT、AC/GT和AT/CG）中任选两组进行两次平行合成测序,得到两组编码序列片段,再按照既定的解码原理组装出待测DNA模板的准确碱基信息,表明该测序策略的可行性。其次,...
【文章来源】：东南大学江苏省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：140 页
【学位级别】：博士
【文章目录】：
中文摘要
ABSTRACT
第一章 绪论
1.1. DNA测序技术研究进展
1.1.1. 第一代DNA测序技术
1.1.2. 第二代高通量DNA测序技术
1.1.3. 第三代高通量DNA测序技术
1.2. 实时合成DNA测序技术
1.2.1. 第一代实时合成DNA测序技术
1.2.2. 第二代实时合成DNA测序技术
1.2.3. 第三代实时合成DNA测序技术
1.3. 本课题研究目标和内容
1.3.1. 研究目标
1.3.2. 研究内容
第二章 两核苷酸实时合成测序技术研究
2.1. 两核苷酸实时合成测序的原理
2.1.1. 两核苷酸实时合成测序的理论依据
2.1.2. 两核苷酸实时合成测序的字符编码及其解码原理
2.1.3. 两核苷酸实时合成测序的颜色编码及其解码原理
2.2. 两核苷酸实时合成测序的可行性验证
2.2.1. 实验材料
2.2.2. 实验方法
2.2.3 实验结果及分析
2.3. 基于焦磷酸测序平台的两核苷酸实时合成测序
2.3.1. 实验材料
2.3.2. 实验方法
2.3.3. 实验结果及分析
2.4. 两核苷酸实时高通量DNA测序的可能性与特征分析
2.4.1. 两核苷酸实时合成高通量DNA测序的可能性分析
2.4.2. 两核苷酸实时合成测序编码信息的特征
2.5. 本章小结
第三章 两核苷酸合成焦测序的定性分析及其应用研究
3.1. 引言
3.2. 两核苷酸实时合成焦测序定性分析的原理
3.3. 两核苷酸实时合成焦测序的条件优化
3.3.1. 实验材料
3.3.3. 实验方法
3.3.4. 实验结果及讨论
3.4. 两核苷酸合成焦测序鉴定微生物种群的研究
3.4.2. 实验材料
3.4.3. 实验方法
3.4.4. 微生物鉴定的可行性分析
3.4.5. 两核苷酸实时合成测序进行菌株初步鉴定分离
3.5. 两核苷酸合成焦测序在SNP分型中的应用研究
3.5.1. 引言
3.5.2. 实验材料
3.5.3. 实验方法
3.5.4. SNP分型的可行性研究
3.5.5. 多个SNP位点的同时分型研究
3.6. 本章小结
第四章 两核苷酸合成焦测序定量分析等位基因频率的研究
4.1. 引言
4.2. 实验材料和方法
4.2.1. 实验材料
4.2.2. 实验方法
4.3. 峰高定量
4.4. 两核苷酸合成焦测序定量研究等位基因频率
4.4.1. 定量分析等位基因频率的原理
4.4.2. 可行性验证
4.4.3. 定量分析位点rs6717546和rs4148324等位基因的频率
4.4.4. 定量分析样本中等位基因的频率
4.5. 本章小结
第五章 总结与展望
5.1. 结论
5.2. 课题的不足
5.3. 展望
参考文献
附录Ⅰ
攻博期间发表的学术论文、参加的学术会议及奖励
致谢
【参考文献】：
期刊论文
[1]Comparative analysis of dideoxy sequencing,the KRAS StripAssay and pyrosequencing for detection of KRAS mutation[J]. Jing Gao, Yan-Yan Li, Ping-Nai Sun, Lin Shen, Key Laboratory of Carcinogenesis and Translational Research (Ministry of Education),Department of GI Oncology, Peking University School of Oncology, Beijing Cancer Hospital and Institute, Beijing 100142, China. World Journal of Gastroenterology. 2010(38)
本文编号：2929768
【文章来源】：东南大学江苏省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：140 页
【学位级别】：博士
【文章目录】：
中文摘要
ABSTRACT
第一章 绪论
1.1. DNA测序技术研究进展
1.1.1. 第一代DNA测序技术
1.1.2. 第二代高通量DNA测序技术
1.1.3. 第三代高通量DNA测序技术
1.2. 实时合成DNA测序技术
1.2.1. 第一代实时合成DNA测序技术
1.2.2. 第二代实时合成DNA测序技术
1.2.3. 第三代实时合成DNA测序技术
1.3. 本课题研究目标和内容
1.3.1. 研究目标
1.3.2. 研究内容
第二章 两核苷酸实时合成测序技术研究
2.1. 两核苷酸实时合成测序的原理
2.1.1. 两核苷酸实时合成测序的理论依据
2.1.2. 两核苷酸实时合成测序的字符编码及其解码原理
2.1.3. 两核苷酸实时合成测序的颜色编码及其解码原理
2.2. 两核苷酸实时合成测序的可行性验证
2.2.1. 实验材料
2.2.2. 实验方法
2.2.3 实验结果及分析
2.3. 基于焦磷酸测序平台的两核苷酸实时合成测序
2.3.1. 实验材料
2.3.2. 实验方法
2.3.3. 实验结果及分析
2.4. 两核苷酸实时高通量DNA测序的可能性与特征分析
2.4.1. 两核苷酸实时合成高通量DNA测序的可能性分析
2.4.2. 两核苷酸实时合成测序编码信息的特征
2.5. 本章小结
第三章 两核苷酸合成焦测序的定性分析及其应用研究
3.1. 引言
3.2. 两核苷酸实时合成焦测序定性分析的原理
3.3. 两核苷酸实时合成焦测序的条件优化
3.3.1. 实验材料
3.3.3. 实验方法
3.3.4. 实验结果及讨论
3.4. 两核苷酸合成焦测序鉴定微生物种群的研究
3.4.2. 实验材料
3.4.3. 实验方法
3.4.4. 微生物鉴定的可行性分析
3.4.5. 两核苷酸实时合成测序进行菌株初步鉴定分离
3.5. 两核苷酸合成焦测序在SNP分型中的应用研究
3.5.1. 引言
3.5.2. 实验材料
3.5.3. 实验方法
3.5.4. SNP分型的可行性研究
3.5.5. 多个SNP位点的同时分型研究
3.6. 本章小结
第四章 两核苷酸合成焦测序定量分析等位基因频率的研究
4.1. 引言
4.2. 实验材料和方法
4.2.1. 实验材料
4.2.2. 实验方法
4.3. 峰高定量
4.4. 两核苷酸合成焦测序定量研究等位基因频率
4.4.1. 定量分析等位基因频率的原理
4.4.2. 可行性验证
4.4.3. 定量分析位点rs6717546和rs4148324等位基因的频率
4.4.4. 定量分析样本中等位基因的频率
4.5. 本章小结
第五章 总结与展望
5.1. 结论
5.2. 课题的不足
5.3. 展望
参考文献
附录Ⅰ
攻博期间发表的学术论文、参加的学术会议及奖励
致谢
【参考文献】：
期刊论文
[1]Comparative analysis of dideoxy sequencing,the KRAS StripAssay and pyrosequencing for detection of KRAS mutation[J]. Jing Gao, Yan-Yan Li, Ping-Nai Sun, Lin Shen, Key Laboratory of Carcinogenesis and Translational Research (Ministry of Education),Department of GI Oncology, Peking University School of Oncology, Beijing Cancer Hospital and Institute, Beijing 100142, China. World Journal of Gastroenterology. 2010(38)
本文编号：2929768
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