基于小鼠15个组织RNA-seq数据的全基因组重注释
发布时间：2021-03-20 20:25
随着二代测序技术的不断发展,RNA-seq得益于其单碱基水平的精度与高测序深度已逐渐发展成为转录组研究的一个最有力工具,能够捕获较以往技术更多的转录本尤其是那些表达丰度较低或组织特异性表达的转录本。小鼠（Mus musculus）作为生物学研究领域常见的模式生物,与人具有十分相近的亲缘关系,共享着很大一部分的基因与遗传物质。因此,本研究拟基于小鼠15个重要组织（大肠、小肠、胃、睾丸及脑等）的RNA-seq数据对小鼠进行全基因组的重注释,主要包括原注释基因的修订、非编码基因的鉴定以及House-keeping基因和Tissue-specific基因的重定义与全方位注释。非编码RNA （ncRNA）是指那些由DNA转录生成,结构与mRNA类似,但是不编码任何蛋白产物的RNA分子,通常只在RNA水平行使其生物学功能。它们长度不一、功能各异,如miRNA与siRNA主要介导目标基因的表达沉默,lncRNA则呈现非常多样性的调控功能,在转录干扰、可变剪接调节、蛋白转运等众多生物学过程均发挥重要调控作用。尽管越来越多的非编码RNA被陆续鉴定出来,但仍有大量的非编码RNA未知。本研究利用一系列软件（...
【文章来源】：中国科学院大学(中国科学院北京基因组研究所)北京市
【文章页数】：115 页
【学位级别】：博士
【图文】：
图１．１分子生物学中必法则：ＲＮＡ在细胞核中被转录，加工完成后转移至细胞质中在核糖体翻译成蛋??白质（引自Ｗｉｋｉｐｅｄｉａ）
?译水平的的调节、转录过程的调节，蛋白活力的调节与转运Ｗ及改变ＲＮＡ的加工方式等ｔｕｉ，??如图１．２所示。其中，ＩｎｃＲＮＡ约占所有非编码ＲＮＡ的８０％，多由ＲＮＡ聚合酶ＩＩ转录而??成。早在ｍｉＲＮＡ成为研究热点前，介导Ｘ染色体失活的转录因子Ｚ／Ｓｒ和参与染色体印??记的Ｗ７９等经典ＩｎｃＲＮＡ就已被发现ｔｉ４’?１５：■。剂量补偿效应是普遍存在于Ｗ性染色体决定性??别的物种（如哺乳动物）中一种平衡性染色体在雌雄个体中基因剂量的现象，不同物种机??制各异，较为常见的是通过雌性个体中一条Ｘ染色体的失活来实现。其中，沿ｓｒ就是Ｘ??染色体失活这一过程中的关键基因。乂ｚｓｒ长约１７化，在人类细胞中位于Ｘ染色体的长臂??（Ｘｑｌ３），通常与另外２个非编码ＲＮＡ基因（々Ｘ和Ｆｔｔ）和２个蛋白编码基因（ＴＪｘ和??ｃｗ如２）形成Ｘ染色体失活中屯、（ｘｉｃ）来指导其失活ｔｗ。虽然义Ｇｒ在剂量补偿效应过程??中的作用已被证实，它的确切作用机制仍需要进一步深入的探索。基因印记是指在配子发??生期间，来自亲本的等位基因在发育过程中发生不同的加工修饰，导致后代体细胞中两个??亲本来源的等位基因有不同的表达方式
加入的双脱氧核糖核昔酸，送样我们就获得了不同长度的ＤＮＡ合成片段。然后通过凝胶??电泳和放射自显影观察，我们就可＾式从胶片中直接读出待测ＤＮＡ的核巧酸排列顺序。??Ｓａｎｇｅｒ法的测序原理及过程如图１．３所示。??ｎｉＳｉＡ?３＇?１｜，?Ｊ??Ａ?Ｔ?ｃ?Ｃ?Ｔ?Ｇ?Ｓ＇??５＇??ＯｉＡ?ｐｏｔｙＴｅｎｗ??？，化??ｌｏｒｎ?＊＾ＰＨａｂｅ？？ｄ）??Ｔｅｍｃｔｅｔｅ??Ａ?了?０?Ｃ?Ｔ?Ｃ???ｆ?／＇Ａ＾ＷＶ?Ｔ?ＡＣＣ?ＡＣ??＾一?－ＶＡＷＶ?ＴＡＣＯ?Ａ??／ＶＷ／Ｗ??ＴＡＣ。???ＴＡＣ??攻护＾?ＡＡＷＡ?Ｔ?Ａ??Ｉ?．ＶＷＡ??ｒ??Ｗｃ??Ｍｒｊｉ?Ｎ．?Ｐｉｕ８ｆＹＳｔ？ｍ??，。－Ａ???ＡＴ?ＧＣ?－?Ｃ???■■?■■■■■■?ａｔＧＣＴＣ—??ｆ??Ｔ?ＡＣＱＡＣ?—???ＴＡＣＧＡ???ＴＡＣＧＡＣ??ＴＡＣＧＡ??—．■?—＇?Ｔ?Ａ?Ｏ?Ｏ????Ｔ?Ａ???ＴＡＣＯ??了?Ａ???ＴＡＣＯ??ｒ＆??Ｉ??Ｔ?ｅｔｃ??旅??ｏｆ??Ｓ?ｍＷｕｆ＂?｜ＪＭ??ａｎｄ?ｐｗｔ?ｓｙｓｔｔｆｆａｉ．??－Ｃ－Ｔ－Ａ－Ｇ＊Ｃ＊Ｔ＊Ａ＊Ｇ??图１．３Ｓａｎｇｅｒ测序方法（ＳａｎｇｅｒＦｅＭ／．ｔ６Ｗ）。首先将单链ＤＮＡ与引物混合并分装四个小管
本文编号：3091617
【文章来源】：中国科学院大学(中国科学院北京基因组研究所)北京市
【文章页数】：115 页
【学位级别】：博士
【图文】：
图１．１分子生物学中必法则：ＲＮＡ在细胞核中被转录，加工完成后转移至细胞质中在核糖体翻译成蛋??白质（引自Ｗｉｋｉｐｅｄｉａ）
?译水平的的调节、转录过程的调节，蛋白活力的调节与转运Ｗ及改变ＲＮＡ的加工方式等ｔｕｉ，??如图１．２所示。其中，ＩｎｃＲＮＡ约占所有非编码ＲＮＡ的８０％，多由ＲＮＡ聚合酶ＩＩ转录而??成。早在ｍｉＲＮＡ成为研究热点前，介导Ｘ染色体失活的转录因子Ｚ／Ｓｒ和参与染色体印??记的Ｗ７９等经典ＩｎｃＲＮＡ就已被发现ｔｉ４’?１５：■。剂量补偿效应是普遍存在于Ｗ性染色体决定性??别的物种（如哺乳动物）中一种平衡性染色体在雌雄个体中基因剂量的现象，不同物种机??制各异，较为常见的是通过雌性个体中一条Ｘ染色体的失活来实现。其中，沿ｓｒ就是Ｘ??染色体失活这一过程中的关键基因。乂ｚｓｒ长约１７化，在人类细胞中位于Ｘ染色体的长臂??（Ｘｑｌ３），通常与另外２个非编码ＲＮＡ基因（々Ｘ和Ｆｔｔ）和２个蛋白编码基因（ＴＪｘ和??ｃｗ如２）形成Ｘ染色体失活中屯、（ｘｉｃ）来指导其失活ｔｗ。虽然义Ｇｒ在剂量补偿效应过程??中的作用已被证实，它的确切作用机制仍需要进一步深入的探索。基因印记是指在配子发??生期间，来自亲本的等位基因在发育过程中发生不同的加工修饰，导致后代体细胞中两个??亲本来源的等位基因有不同的表达方式
加入的双脱氧核糖核昔酸，送样我们就获得了不同长度的ＤＮＡ合成片段。然后通过凝胶??电泳和放射自显影观察，我们就可＾式从胶片中直接读出待测ＤＮＡ的核巧酸排列顺序。??Ｓａｎｇｅｒ法的测序原理及过程如图１．３所示。??ｎｉＳｉＡ?３＇?１｜，?Ｊ??Ａ?Ｔ?ｃ?Ｃ?Ｔ?Ｇ?Ｓ＇??５＇??ＯｉＡ?ｐｏｔｙＴｅｎｗ??？，化??ｌｏｒｎ?＊＾ＰＨａｂｅ？？ｄ）??Ｔｅｍｃｔｅｔｅ??Ａ?了?０?Ｃ?Ｔ?Ｃ???ｆ?／＇Ａ＾ＷＶ?Ｔ?ＡＣＣ?ＡＣ??＾一?－ＶＡＷＶ?ＴＡＣＯ?Ａ??／ＶＷ／Ｗ??ＴＡＣ。???ＴＡＣ??攻护＾?ＡＡＷＡ?Ｔ?Ａ??Ｉ?．ＶＷＡ??ｒ??Ｗｃ??Ｍｒｊｉ?Ｎ．?Ｐｉｕ８ｆＹＳｔ？ｍ??，。－Ａ???ＡＴ?ＧＣ?－?Ｃ???■■?■■■■■■?ａｔＧＣＴＣ—??ｆ??Ｔ?ＡＣＱＡＣ?—???ＴＡＣＧＡ???ＴＡＣＧＡＣ??ＴＡＣＧＡ??—．■?—＇?Ｔ?Ａ?Ｏ?Ｏ????Ｔ?Ａ???ＴＡＣＯ??了?Ａ???ＴＡＣＯ??ｒ＆??Ｉ??Ｔ?ｅｔｃ??旅??ｏｆ??Ｓ?ｍＷｕｆ＂?｜ＪＭ??ａｎｄ?ｐｗｔ?ｓｙｓｔｔｆｆａｉ．??－Ｃ－Ｔ－Ａ－Ｇ＊Ｃ＊Ｔ＊Ａ＊Ｇ??图１．３Ｓａｎｇｅｒ测序方法（ＳａｎｇｅｒＦｅＭ／．ｔ６Ｗ）。首先将单链ＤＮＡ与引物混合并分装四个小管
本文编号：3091617
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