转录因子、染色质重塑复合物以及远程染色质相互作用对基因表达调控的研究

发布时间：2021-07-12 12:11

　　基因的转录调控是一个精细、复杂的过程,是在大量的反式作用因子包括序列特异性转录因子、组蛋白修饰酶和染色质重塑酶共同协调作用下进行的。同时调控过程发生在染色质结构的背景下,这也影响基因的转录调控。为了解染色质结构在基因转录调控中的功能,本文首先研究了CTCF（又叫11-锌指蛋白或CCCTC-结合因子）蛋白在远程染色质相互作用中的功能。最近基因组范围的研究揭示哺乳动物的基因组形成拓扑相关结构域（Topologically associated domains,TADs）和子功能域。同时以前的研究表明绝缘体结合蛋白:CTCF主要在维持染色质结构域边界中发挥关键作用。然而,本研究中发现绝大部分的CTCF结合位点在染色质结构域内与增强子交错分布,并不显示其染色质结构域边界的功能,尤其是分布在结构域内的CTCF结合位点与附近的增强子活性呈正相关,通过本研究得出如下结论:1、用改进的高分辨率的Super-C方法,分别在小鼠ES和CD4 T细胞中鉴定出90518个和81773个高可信度相互作用,这些相互作用分布于启动子,P300结合的增强子以及CTCF结合的绝缘子之间。2、通过分析Super-C得到的... 

【文章来源】：西北农林科技大学陕西省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校

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【学位级别】：博士

【部分图文】：

“ENCODE”研究计划的简要描述Figure1-1Summaryofthe“ENCODE”project.注释：图片摘自“ENCODE”计划网页图1-1中展示的是目前“ENCODE”计划中应用到的各种方法，及其对应的研究目的

即配对末端标签测序分析染色质相互作用 Chromatin interaction ana-end tag sequencing，ChIA-PET）。图 1-2 对在这类方法进行了详细形象ker et al. 2013)。

步骤包括：首先甲醛对细胞固定，获得细胞内自然状态存在的各种空间上然后进行酶切，并在 DNA 末端引入生物素标记；重新连接后，获得相互异源 DAN 片段；然后进行建库，测序，获得空间相互作用的信息。图 1Hi-C 的基本实验流程。


本文编号：3279893