全基因组重测序及转录组测序揭示鸭种群结构及驯化适应的分子基础

发布时间：2024-02-21 12:57

　　中国拥有悠久的家鸭饲养历史,是驯养野鸭为家鸭最早的国家之一。野鸭在经过迁移、驯化和适应后,逐渐形成体型外貌特征、行为特点、繁殖和生长性状各异的地方家鸭品种,为鸭育种提供了丰富的素材。但是关于鸭驯化所导致的表型和生产繁殖性状改变的遗传机制尚未研究清楚。因此,本研究以斑嘴野鸭、绿头野鸭、奉化水鸭、绍兴鸭、山麻鸭和樱桃谷鸭为实验对象,利用全基因组重测序、转录组测序和生物信息分析等方法对鸭驯化的遗传机制进行相关研究,分析人工选择和气候变迁对鸭种群遗传结构和种群历史的影响,鉴定鸭在驯化过程中受到选择的基因组区域。主要研究结果如下:1、鸭种群基因组遗传多态性位点的鉴定本研究对斑嘴野鸭(Anas poecilorhyncha)、绿头野鸭(Anas platyrhnchos)、奉化水鸭、绍兴鸭、山麻鸭和樱桃谷鸭六个种群共60个个体进行基因组重测序,共获得397.788 Gb的clean data,平均每个个体6.63 Gb,平均比对率为95.09%,样本平均测序深度为6.52×,样品平均覆盖度为96.41%。经过比对和过滤,60个个体最终得到2,809,077个高质量SNPs,六个种群共享838,41...

【文章页数】：122 页

【学位级别】：博士

【部分图文】：

图1-1动物驯化的三种主要方式（Larsonetal.,2013）

驴、水牛、骆驼等哺乳动物（Mignon-Grasteauetal.,2005）。家禽的驯化开始时间较晚，有研究指出，中国北方大约在10000年前开始驯化鸡（Xiangetal.,2014）。鱼类的驯化则仍在进行。显而易见，并不是所有动物都能被驯化。Diamond（....

图1-2正选择的信号（蓝色远点圆点表示中性位点，红色圆点表示有利突变

图1-2正选择的信号（蓝色远点圆点表示中性位点，红色圆点表示有利突变。在正选择的作用下，有利突变及与其连锁的单倍型的频率提高。）（Biswasetal.,2006）Figure1-2Signaturesofpositiveselection.Bluecir....

图2-1六个群体间私有和共有SNPsFigure2-1ThenumberofuniqueandsharedSNPsamongsixduckgroupsshownbyavenndiagram

29图2-1六个群体间私有和共有SNPsFigure2-1ThenumberofuniqueandsharedSNPsamongsixduckgroupsshownbyavenndiagram

图3-1主成分分析图

36图3-1主成分分析图Figure3-1Principalcomponentsanalysis2.2群体遗传结构本研究利用Frappe软件对60个个体进行了群体遗传结构分析，如图3-2所示图片中每列表示个个体，其中不同颜色片段的长度表示该个体基因组....

本文编号：3905451