组学研究的脉络梳理与趋势展望—文献挖掘视角

发布时间：2020-06-04 04:23

【摘要】：目的:随着现代医学的快速发展,人们发现单纯研究某一方向无法解释全部生物医学问题,组学被呈现在公众视野面前。由于疾病种类多,要做到精准医学提倡的精确用药,离不开组学大数据的支持。目前整合多组学的研究工作还很缺乏,尤其是基于不同类型组学数据关联分析的研究。因此准确的把握组学研究的脉络和趋势,有助于科研工作者及时抓住研究热点,调整自己的研究方向。方法:选取PubMed数据库对其1896-2016年收录的所有文献题录信息共计27040819条记录进行下载,利用Python编程语言对具有“组学”含义的单词在每篇文献的题目和摘要中进行标注、统计并分析统计结果。结果:共得到346977条数据,通过年度趋势变化图得到组学文献发表量逐年递增,从2000年后呈井喷式增长;各类单一组学的文献发表量都呈逐年递增的趋势,其中基因组学文献发表量最多,在2014年之前,蛋白质组学文献发表量排第二,2014年之后,转录组学超过了蛋白质组学的文献发表量,成为了继基因组学之后的第二大组学类型;通过主题河图展现了转录组学和线粒体基因组学与基因组学共现的文献量在某一时间节点后呈井喷式增长,其余组学类型与基因组学共现的文献量都呈稳定增长的趋势;通过上下文分析发现与组学类型相关的关键词以其研究技术为主。结论:不同类型组学相继涌现,成为研究热点;由单一组学类型研究向多类型组学融合研究发展;组学研究离不开其研究技术的支持。
【图文】：

研究论文,文献

文献的年度分布情况，可以从一定程度上反映该领域的发展情况，分析文献量与时间变化的关系，可以反映研究主题的发展情况，可以大体揭示该主题的发展阶段与规律。在世界范围内，组学研究领域 1943 2016 的文献发表情况如图 3-1 所示。从图 3-1 中可以看出第一篇关于组学的文献出现在 1943 年。之后的发表量整体呈逐年递增的趋势，并且从 1999 2000 年文献发表量急剧增长，从 1999 年的 4331 篇迅速增长到 2000 年的 5288 篇，到 2016 年文献发表量已达 40590 篇。人类基因组计划（Human genome project）由美国于 1987 年启动，到 2000 年 6 月 26 日，主要对人类基因组项目进行推进的美国、英国、法国、德国、日本和中国的 6 个国家的相关科研工作者共同宣布，人类基因组草图的绘制工作已经完成，后基因组时代来临。组学领域的研究文献呈现了井喷式的增长，已有越来越多的国内外科学工作者投入到组学的研究中，发表了大量论文，得出了大量的科学研究结论，组学研究已经成为生物医学相关领域研究的热门话题。

编码序列,研究文献,转录组学,测序技术

到 2000 年 6 月 26 日，人类基因组草图的绘制工作完成，因此在2000 年之前，组学研究类型较单一，从 2000 年之后，各类组学都涌现出来，并且出现了不同的变化，取数据中论文总数排名前十的组学类型进行制图，如图 3-2 所示，各类组学都呈现了逐年递增的现象，基因组学的文献发表量遥遥领先，，蛋白质组学和转录组学的文献发表量紧随其后。在 2000-2014 年，蛋白质组学的文献发表量一直比转录组学的文献发表量高，到 2014 年之后转录组学的文献发表量超过了蛋白质组学的文献发表量。2008 年以后，高通量测序技术（high hroughput sequencing）的广泛应用，对大量的基因组进行测序，第二代测序技术能够快速准确的获取基因组编码序列，极大程度的满足了对基因组测序的快速、高分辨率的要求，正是由于二代测序技术的快速发展，使得转录组学研究有了技术支持，因此转录组学测序技术也得得到了高度的关注和发展[25]。因此，转录组学的关注度逐渐升高并且超过了蛋白质组学的关注度。
【学位授予单位】：山西医科大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2018
【分类号】：R-05;G353.1

【参考文献】