苏云金芽胞杆菌LM1212菌株和突变株的全基因组序列比较分析

发布时间：2022-10-09 11:57

　　【背景】LM1212菌株是昆虫病原菌苏云金芽胞杆菌（Bacillus thuringiensis,Bt）中的一员,其芽胞和晶体分别产生于芽胞形成细胞和晶体产生细胞中,具有独特的细胞分化表型。与野生株LM1212相比,突变株LM1212-DB芽胞细胞比例明显降低并产生更高比例的晶体产生细胞,这使得LM1212-DB菌株成为研究晶体产生细胞形成机制和提高菌株杀虫活性的绝佳实验材料。【目的】比较LM1212菌株和LM1212-DB菌株的基因组差异,以便于揭示导致这两个菌株表型差异的原因。【方法】利用单分子测序技术（single molecular real-time,SMRT）和Pacbio RS II测序平台对两个菌株进行全基因组测序,对染色体和质粒、双组分信号系统和插入序列等进行差异分析,并构建表型特性相关基因的系统发育树。【结果】基因组分析发现,LM1212和LM1212-DB菌株均含有丰富的插入序列和双组分信号系统,暗示两个菌株极易发生基因重排且具有较强的环境适应性。与LM1212菌株相比,突变株LM1212-DB中发生了染色体和质粒片段缺失、质粒重排、质粒拷贝数变异。进一步分析缺失... 

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【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 供试菌株
    1.2 主要试剂和仪器
    1.3 培养基
    1.4 基因组制备与测序
    1.5 测序数据的组装及注释
    1.6 插入序列鉴定及比较基因组分析
    1.7 CpcR同源序列系统发育树构建
2 结果与分析
    2.1 LM1212菌株和突变株LM1212-DB的全基因组概况
    2.2 LM1212菌株和突变株LM1212-DB的染色体结构变异及功能分析
    2.3 LM1212菌株和突变株LM1212-DB的质粒差异分析
    2.4 LM1212-DB菌株质粒缺失片段的生物学功能分析
    2.5 LM1212-DB菌株中拷贝数增加的转录因子Cpc R的分布情况及系统发育树
    2.6 LM1212菌株和突变株LM1212-DB双组分信号系统分析
    2.7 LM1212菌株和突变株LM1212-DB的插入序列分析
3 讨论与结论


【参考文献】：
期刊论文
[1]细菌插入序列中的转座酶和转座机制[J]. 张孟思,朱德康,汪铭书.  中国生物化学与分子生物学报. 2018(10)
[2]苏云金芽胞杆菌LM1212质粒缺失对细胞分化的影响[J]. 马丽霞,彭琦,Lereclus Didier,张杰,郭淑元,宋福平.  微生物学通报. 2017(03)



本文编号：3688596