湖北和广西辣椒脉斑驳病毒的检测及遗传多样性分析

发布时间：2024-12-29 21:49

　　 【目的】研究辣椒脉斑驳病毒(Pepper veinal mottle virus,PVMV)的分布及遗传变异,为明确该病毒在我国的流行扩散分子机制提供理论依据。【方法】利用特异性引物反转录PCR(RT-PCR)检测从湖北宜昌及广西南宁和百色采集的48份疑似感染PVMV的辣椒样本;采用常规Sanger测序测定PCR产物序列,序列采用MEGA 5.0构建系统发育进化树,采用RDP等算法分析其可能的重组事件;采用DnaSP v5分析病毒株系不同群体之间的基因流及基因差异。【结果】从48份辣椒样本中检测到5份样本被PVMV侵染,检出率10.42%。基因同源性比对分析结果表明,测定的PVMV湖北和广西分离物CP基因序列同源性在97.00%以上,与其他地区分离物的同源性为91.73%～98.78%。系统发育分析表明,湖北(YC)和广西(NN)PVMV分离物与我国台湾PVMV分离物的亲缘关系最近。重组分析表明,PVMV广西分离物NN10有2个重组事件。【结论】湖北和广西辣椒的PVMV检测结果表明,该病毒已扩散至湖北和广西;基因突变可能是PVMV湖北分离物遗传变异的主要方式之一;而基因重组和基因突变可...

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【部分图文】：

图1 PVMV特异性RT-PCR扩增凝胶电泳结果

将PVMV分离物CP基因序列分为我国分离物群（I亚群）和国外分离物群（II亚群）两个群体，采用DnaSPv5分析两个群体间CP基因的变异及基因流。两个群体CP基因的基因变异分析结果（表4）表明，我国PVMV分离物群体CP基因的分离位点数量（Ss）、平均差异位点数（k）和核苷酸多....

图2 湖北和广西PVMV分离物与其他地区PVMV分离物的CP基因序列系统发育进化树

图1PVMV特异性RT-PCR扩增凝胶电泳结果3讨论

本文编号：4021334