珙桐DiZF-CCCH1基因的克隆及表达分析

发布时间：2024-12-11 05:52

　　 【目的】珙桐Davidia involucrata有性生殖能力弱是限制其自然更新的主要原因。为研究珙桐种子发育的分子机制,本课题组前期完成了珙桐种子转录组分析,筛选到1个编号为c37849.graph_c0的转录本,其在正常种子中高量表达,而在发育异常的种子中表达量很低,差异表达显著,因此将其作为研究目标。【方法】使用PCR克隆该转录本的全长序列,并利用在线分析工具对其编码氨基酸的序列特征、蛋白结构和系统进化等进行生物信息学分析预测,采用qRT-PCR检测目标基因在珙桐不同组织部位以及种子不同发育阶段中的表达情况。【结果】序列分析确定目标基因为一个编码CCCH型锌指蛋白转录因子的基因,将其命名为DiZF-CCCH1,该基因开放阅读框全长为711 bp,编码236个氨基酸,无内含子,相对分子量26.74 kDa,为不稳定蛋白,其氨基酸序列含有植物特有的RR-TZF结构域,与来源于甜橙Citrus sinensis的CCCH蛋白同源性最高。基因表达模式分析显示,DiZF-CCCH1在种子发育前期的表达量最高,后期表达量降低,在其他组织中仅有微量表达,推测其可能在种子发育...

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【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 材料
    1.2 珙桐总RNA的提取及cDNA的合成
    1.3 目标基因的克隆
    1.4 目标基因生物信息学分析
    1.5 目标基因表达模式分析
2 结果与分析
    2.1 珙桐种子中差异表达基因的筛选
    2.2 目标基因的克隆
    2.3 生物信息学分析
        2.3.1 蛋白质氨基酸序列的预测
        2.3.2 序列分析及聚类分析和亚细胞定位
        2.3.3 磷酸化位点的预测和跨膜区域的预测
        2.3.4 二级结构和三级结构的预测
    2.4 珙桐DiZF-CCCH1基因表达模式分析
3 结论与讨论
    3.1 结论
    3.2 讨论
        3.2.1 珙桐DiZF-CCCH1结构域分析
        3.2.2 DiZF-CCCH1在珙桐种子中的特异性表达



本文编号：4016290