西南桦叶绿体基因组密码子偏好性分析

发布时间：2025-02-11 12:58

　　 密码子偏好性广泛存在于各种植物中。本研究利用Codon W和在线软件CUSP分析西南桦(Betula alnoides)叶绿体基因组中的45条蛋白编码序列。结果显示,西南桦叶绿体基因组的ENC值在36.86～56.10之间,密码子第3位上的GC含量为27.80%,RSCU>1的密码子中有23个以A或U作为结尾,说明其密码子偏好以AU结尾;ENC与密码子第3位碱基的GC含量呈显著相关;3种图形分析均表明西南桦叶绿体基因组密码子偏好性受突变影响较大;最优密码子以C结尾的有7个,G结尾的有2个,U结尾的有1个。本研究为西南桦无性系地理种源鉴定、保持种源多样性提供了科学依据。

【文章页数】：7 页

【部分图文】：

图1 中性绘图分析

ENC-plot分析显示(图2;图3)，部分基因在或沿标准曲线分布，部分基因位于标准曲线下方较远的位置，这些基因中部分基因的实际ENC值与预期ENC值接近，而另一部分基因与预期ENC值存在一定的偏离；ENC比值((预期ENC-实际ENC)/预期ENC)的频数分布表能更直观地表示距....

图2 ENC-plot分析

图1中性绘图分析图3PR2-plot绘图分析

图3 PR2-plot绘图分析

图2ENC-plot分析1.4PR2-plot绘图分析

本文编号：4033298