烟草开花期全基因组关联分析
发布时间：2021-08-17 06:56
烟草开花期影响烟叶的产量和品质,是决定生态适应性和产量的重要性状,与各种生物或非生物胁迫密切相关。研究烟草开花期的遗传规律,进而解析调控开花时间的分子基础,对烟草品种改良具有重要意义。本研究选用烟草MAGIC（Multiparent Advanced Generation Inter-crossing）群体为材料,利用高密度烟草SNP（Single Nucleotide Polymorphism）芯片进行基因型分析,进而对开花期性状进行全基因组关联分析（Genome-Wide Association Study,GWAS）。结果表明,共检测到13个与烟草开花期性状显著关联位点,其中位于12号染色体109 616 410bp位置上的SNP为最显著关联位点。根据参考基因组,初步确定了控制开花期的关键候选基因Ntab0279610,该基因与拟南芥控制开花的关键基因SOC1高度同源,可能在控制烟草开花时间上起到关键作用。研究结果为进一步揭示烟草开花期遗传调控机制及育种改良奠定了基础。
【文章来源】：中国烟草科学. 2020,41(06)北大核心CSCD
【文章页数】：6 页
【部分图文】：
MAGIC群体材料开花期的表型分布图
采用TASSEL V 5.0软件MLM模型，对519份MAGIC群体材料进行开花期的全基因组关联分析，如图2、3所示。其中共检测到13个与开花期显著关联的位点（p<0.000 1）（表1），分别位于烟草第4、5、6、8、12、13、15、17、19号染色体上，根据p值排序，在烟草全基因组染色体上的物理位置分别为：12号染色体，109 616 410 bp;8号染色体，2 266 918 bp;8号染色体，135 192 920 bp;17号染色体，43 342 018 bp;6号染色体，74 138 868bp;4号染色体，35 423 572 bp;4号染色体，91 394779 bp;12号染色体，57 703 873 bp;13号染色体，76 563 713 bp;15号染色体，21 104 329 bp;5号染色体，138 720 068 bp;6号染色体，146 052 300bp;19号染色体，40 502 891 bp；其中，4、6、8号染色体分别检测出2个显著性位点，12号染色体上109 616 410 bp处的SNP位点显著性最高，p值为4.79；单个位点表型变异贡献率（R2）范围为3.38～4.74%，其中最显著位点的表型贡献率为4.49%。图3 全基因组关联分析分位数-分位数图（QQ图）
全基因组关联分析分位数-分位数图（QQ图）
【参考文献】：
期刊论文
[1]烟草成花素FT基因及其调控机制研究进展[J]. 解敏敏,龚达平,孙榕,王蕾,赵泽玉,陈明丽. 中国烟草科学. 2018(03)
[2]烟草耐低温胁迫早花NtMYB15的克隆及功能分析[J]. 白戈,杨大海,姚恒,谢贺. 分子植物育种. 2018(11)
[3]植物MADS-box转录因子参与调控非生物胁迫的研究进展[J]. 姚琦园,李纷芬,张林成,周升恩. 江西农业学报. 2018(05)
[4]应用SNP标记分析24份烟草品种的遗传多样性[J]. 张剑锋,罗朝鹏,何声宝,金静静,李泽锋,许亚龙,谢小东,魏攀,王燃,杨军. 烟草科技. 2017(11)
[5]231份烤烟种质资源SSR标记遗传多样性及其与农艺性状和化学成分的关联分析[J]. 童治军,陈学军,方敦煌,曾建敏,吴兴富,肖炳光. 中国烟草学报. 2017(05)
[6]以关联分析发掘烟草抗赤星病基因分子标记[J]. 朱承广,任民,蒋彩虹,张雨生,孙明铭,刘旦,程立锐,杨爱国,王元英. 中国烟草科学. 2017(01)
[7]基于关联分析发掘烟草高钾优异等位变异[J]. 樊文强,孙鑫,杨爱国,程立锐,张忠锋,任民. 中国烟草学报. 2016(02)
[8]烤烟生育期相关性状的初步遗传分析[J]. 蔡长春,邓环,冯吉,程玲,余君,王欣. 中国烟草学报. 2014(06)
[9]基于高密度SSR连锁群的烟草致香物质关联分析[J]. 任民,张长静,蒋彩虹,程立锐,贾兴华,杨爱国. 中国烟草学报. 2014(04)
[10]烟草白粉病抗性基因的QTL定位[J]. 牟建英,钱玉梅,任民,刘艳华,张兴伟,王志德,潘应花. 中国烟草学报. 2013(04)
硕士论文
[1]芥菜AGL24基因的启动子克隆与其互作因子SOC1遗传转化研究[D]. 陈娇.西南大学 2016
[2]胞外脱氢抗坏血酸在低温诱导烟草早花过程中的参与机制[D]. 杨永银.河南农业大学 2015
[3]烟草遗传图谱构建与农艺性状和化学成分的QTL定位[D]. 李茜.西南大学 2015
[4]低温诱导烟草早花研究与烟草MADS-box基因的同源克隆[D]. 李元元.中国农业科学院 2011
[5]烟草（Nicotiana tabacum L.）赤星病抗性QTL的定位分析[D]. 焦天雷.浙江大学 2011
本文编号：3347297
【文章来源】：中国烟草科学. 2020,41(06)北大核心CSCD
【文章页数】：6 页
【部分图文】：
MAGIC群体材料开花期的表型分布图
采用TASSEL V 5.0软件MLM模型，对519份MAGIC群体材料进行开花期的全基因组关联分析，如图2、3所示。其中共检测到13个与开花期显著关联的位点（p<0.000 1）（表1），分别位于烟草第4、5、6、8、12、13、15、17、19号染色体上，根据p值排序，在烟草全基因组染色体上的物理位置分别为：12号染色体，109 616 410 bp;8号染色体，2 266 918 bp;8号染色体，135 192 920 bp;17号染色体，43 342 018 bp;6号染色体，74 138 868bp;4号染色体，35 423 572 bp;4号染色体，91 394779 bp;12号染色体，57 703 873 bp;13号染色体，76 563 713 bp;15号染色体，21 104 329 bp;5号染色体，138 720 068 bp;6号染色体，146 052 300bp;19号染色体，40 502 891 bp；其中，4、6、8号染色体分别检测出2个显著性位点，12号染色体上109 616 410 bp处的SNP位点显著性最高，p值为4.79；单个位点表型变异贡献率（R2）范围为3.38～4.74%，其中最显著位点的表型贡献率为4.49%。图3 全基因组关联分析分位数-分位数图（QQ图）
全基因组关联分析分位数-分位数图（QQ图）
【参考文献】：
期刊论文
[1]烟草成花素FT基因及其调控机制研究进展[J]. 解敏敏,龚达平,孙榕,王蕾,赵泽玉,陈明丽. 中国烟草科学. 2018(03)
[2]烟草耐低温胁迫早花NtMYB15的克隆及功能分析[J]. 白戈,杨大海,姚恒,谢贺. 分子植物育种. 2018(11)
[3]植物MADS-box转录因子参与调控非生物胁迫的研究进展[J]. 姚琦园,李纷芬,张林成,周升恩. 江西农业学报. 2018(05)
[4]应用SNP标记分析24份烟草品种的遗传多样性[J]. 张剑锋,罗朝鹏,何声宝,金静静,李泽锋,许亚龙,谢小东,魏攀,王燃,杨军. 烟草科技. 2017(11)
[5]231份烤烟种质资源SSR标记遗传多样性及其与农艺性状和化学成分的关联分析[J]. 童治军,陈学军,方敦煌,曾建敏,吴兴富,肖炳光. 中国烟草学报. 2017(05)
[6]以关联分析发掘烟草抗赤星病基因分子标记[J]. 朱承广,任民,蒋彩虹,张雨生,孙明铭,刘旦,程立锐,杨爱国,王元英. 中国烟草科学. 2017(01)
[7]基于关联分析发掘烟草高钾优异等位变异[J]. 樊文强,孙鑫,杨爱国,程立锐,张忠锋,任民. 中国烟草学报. 2016(02)
[8]烤烟生育期相关性状的初步遗传分析[J]. 蔡长春,邓环,冯吉,程玲,余君,王欣. 中国烟草学报. 2014(06)
[9]基于高密度SSR连锁群的烟草致香物质关联分析[J]. 任民,张长静,蒋彩虹,程立锐,贾兴华,杨爱国. 中国烟草学报. 2014(04)
[10]烟草白粉病抗性基因的QTL定位[J]. 牟建英,钱玉梅,任民,刘艳华,张兴伟,王志德,潘应花. 中国烟草学报. 2013(04)
硕士论文
[1]芥菜AGL24基因的启动子克隆与其互作因子SOC1遗传转化研究[D]. 陈娇.西南大学 2016
[2]胞外脱氢抗坏血酸在低温诱导烟草早花过程中的参与机制[D]. 杨永银.河南农业大学 2015
[3]烟草遗传图谱构建与农艺性状和化学成分的QTL定位[D]. 李茜.西南大学 2015
[4]低温诱导烟草早花研究与烟草MADS-box基因的同源克隆[D]. 李元元.中国农业科学院 2011
[5]烟草（Nicotiana tabacum L.）赤星病抗性QTL的定位分析[D]. 焦天雷.浙江大学 2011
本文编号：3347297
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