基于茶蛋白质组学数据分析植物亚细胞定位预测软件的应用

发布时间：2021-09-24 16:29

　　以500个茶（Camellia sinensis （L.） O. Ktze.）叶片的蛋白质作为数据集,比较TargetP、WoLF PSORT、LocTree和Plant-mPLoc 4种软件预测亚细胞定位的可信度和灵敏度。结果显示,4种软件预测可信度均高于80%,依次排序为TargetP> LocTree> WoLF PSORT> Plant-mPLoc。其中,LocTree对细胞质蛋白和分泌蛋白检测灵敏度最高,但对叶绿体蛋白灵敏度最低; Plant-mPLoc检测核蛋白最灵敏,但对细胞质蛋白最不敏感;TargetP检测叶绿体蛋白最灵敏,但仅能区分3个亚细胞器官; WoLF PSORT对分泌蛋白检测灵敏度最低,但对其他蛋白均较灵敏。基于上述结果,该研究针对4种软件提出了合理的使用建议。 

【文章来源】：植物科学学报. 2020,38(05)北大核心CSCD

【文章页数】：7 页

【部分图文】：

4种算法分析500个茶叶片蛋白质的亚细胞定位

500个茶叶片蛋白质亚细胞定位

图2 500个茶叶片蛋白质亚细胞定位综上，4种软件中Loc Tree对cy蛋白、分泌途径蛋白检测灵敏度最高，Target P和Plantm PLoc分别对ch蛋白和核蛋白检测最为灵敏。

【参考文献】：
期刊论文
[1]花椰菜BobACT基因的克隆及其作为内参基因的研究[J]. 林珲,朱海生,温庆放,黄丽芳.  植物遗传资源学报. 2019(03)
[2]蛋白质的亚细胞定位预测研究进展[J]. 李立奇,万瑛.  免疫学杂志. 2009(05)
[3]蛋白质亚细胞定位的生物信息学研究[J]. 张松,黄波,夏学峰,孙之荣.  生物化学与生物物理进展. 2007(06)
[4]植物蛋白质的亚细胞定位研究进展[J]. 邢浩然,刘丽娟,刘国振.  华北农学报. 2006(S2)



本文编号：3408076