基于转录组测序的两种猪苓菌丝体多糖代谢途径比较分析
发布时间：2021-11-10 06:46
以长白山猪苓菌丝体和陕西猪苓菌丝体为研究材料进行转录组测序,分析猪苓多糖生物合成的代谢途径,初步探讨其参与代谢过程的表达差异基因。通过对转录组原始数据进行数据质控共得到20 999个Unigene。长白山猪苓与陕西猪苓菌丝体相比共有5 881个表达差异基因,长白山猪苓菌丝体上调表达的基因有2 616个,下调表达基因有3 265个。在氨基糖与核苷酸糖代谢通路中共涉及到28个基因产物,与其相关的Unigene共有49条,有13条差异基因参与到8个基因产物的代谢过程。在果糖与甘露糖代谢相关的Unigene共有28个,涉及到20个基因产物,有4条差异基因参与到8个基因产物的代谢过程。该研究为今后深入开展猪苓多糖代谢途径及相关功能基因等研究提供了基本数据。
【文章来源】：延边大学农学学报. 2020,42(04)
【文章页数】：9 页
【部分图文】：
同源物种分布饼图
KOG分为26个group，将KOG注释成功的基因按KOG的group进行分类，注释结果如图3所示。在把所有的Unigene注释到蛋白质真核同源数据库（eukaryotic orthologous groups,KOG）时，发现有4 976条Unigene对应25个KOG类别找到了对应的功能信息。根据统计分析，在25个KOG类别当中，一般功能预测类（General function prediction only）要比其他类更多，共有620条，占12.46%；其次为翻译后修饰、蛋白质转换、伴侣（Posttranslational modification,protein turnover,chaperones）以及翻译、核糖体结构和生物合成（Translation,ribosomal structure and biogenesis）相关的基因，分别有564个和512个，占11.33%和10.29%；与细胞运动（Cell motility）有关的只有8条，比例仅占0.16%。图3 KOG功能分类图
KOG功能分类图
本文编号：3486780
【文章来源】：延边大学农学学报. 2020,42(04)
【文章页数】：9 页
【部分图文】：
同源物种分布饼图
KOG分为26个group，将KOG注释成功的基因按KOG的group进行分类，注释结果如图3所示。在把所有的Unigene注释到蛋白质真核同源数据库（eukaryotic orthologous groups,KOG）时，发现有4 976条Unigene对应25个KOG类别找到了对应的功能信息。根据统计分析，在25个KOG类别当中，一般功能预测类（General function prediction only）要比其他类更多，共有620条，占12.46%；其次为翻译后修饰、蛋白质转换、伴侣（Posttranslational modification,protein turnover,chaperones）以及翻译、核糖体结构和生物合成（Translation,ribosomal structure and biogenesis）相关的基因，分别有564个和512个，占11.33%和10.29%；与细胞运动（Cell motility）有关的只有8条，比例仅占0.16%。图3 KOG功能分类图
KOG功能分类图
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