铁皮石斛组培苗和栽培苗的circRNA检测及分析
发布时间：2021-12-12 06:07
为了分析铁皮石斛组培苗与有菌根的栽培苗的circular RNA （circRNA）变化,采用高通量测序方法对铁皮石斛组培苗和栽培苗进行circRNA检测,并分析它们之间的差异。结果显示:两组4个样品共测出4115组不同的circRNA,其中有显著性差异的有27种,在实验组中17种为显著上调,10种为显著下调;GO富集分析一共检测出99组数据,其中显著性基因最多是核基因;KEGG富集分析表明,circRNA共有富集在7条KEGG通路上,其中丁酸甲酯代谢途径（Butanoate metabolism）和错配修复途径（Mismatch repair）具有显著性差异。以上结果可为进一步研究铁皮石斛形成菌根前后circRNA的变化提供参考。
【文章来源】：浙江理工大学学报(自然科学版). 2020,43(06)
【文章页数】：6 页
【部分图文】：
差异circRNA聚类热图
以log2FC为横坐标,以t检验显著性检验-log10(p)为纵坐标,以所测得的circRNA为原始数据,得到的差异circRNA火山图(图2)。在图2中,log2FC>1.0部分代表在实验组中上调,log2FC<1.0为下调,-log10(p)>1.0 可认为具有一定的差异性,-log10(p)>1.3为具有显著的差异性。其中有部分只在实验组检测出的circRNA或只在对照组检测出的circRNA,因为换算成的log2FC值趋近正负无穷大而未能在图中显示出来(这部分可参照表5和表6)。从图2中可以看出,在此次所测得的两组样品中,circRNA的显著性差绝大部分在0.5以下,少部分在0.5～1.3之间,极少部分在1.3以上,而在后两个区间中,在实验组中上调的circRNA数量都比下调的要高。2.6 差异circRNA 的GO富集分析
通过对KEGG富集分析(表7和图4),发现显著差异的circRNA共富集在7条KEGG通路,7条KEGG通路中,有6条为上调circRNA的KEGG富集通路,1条为下调circRNA的KEGG富集通路。其中丁酸甲酯代谢途径(Butanoate metabolism)和错配修复途径(Mismatch repair)具有显著性差异,而磷酸肌醇代谢途径(Inositol phosphate metabolism)和磷脂酰肌醇信号系统(Phosphatidylinositol signaling system)差异性较小。表7 差异circRNA的KEGG富集分析表 通路ID 通路名称 circRNA编码 上调/下调 p值 ko00650 丁酸甲酯代谢途径 circRNA2827 上调 0.04 ko03430 错配修复途径 circRNA1301 上调 0.05 ko00250 丙氨酸,天门冬氨酸和谷氨酸代谢途径 circRNA2827 上调 0.06 ko03440 同源重组途径 circRNA120 上调 0.09 ko00330 精氨酸和脯氨酸代谢途径 circRNA1379 下调 0.09 ko00562 磷酸肌醇代谢途径 circRNA676 上调 0.12 ko04070 磷脂酰肌醇信号系统 circRNA676 上调 0.13
【参考文献】：
期刊论文
[1]CircRNA肿瘤相关生物学功能的研究进展[J]. 张晓云,孔鹏,窦永青,李秉慧. 生命的化学. 2020(04)
[2]circRNA的生物学功能及其在卵巢癌中的研究进展[J]. 刘致新,孙文洲,李佳欣,于丽波. 癌症进展. 2020(04)
[3]基于转录组测序对小麦抗叶锈性相关基因的筛选与分析[J]. 张艳俊,杨毅清,袁心悦,王海燕,刘大群. 河北农业大学学报. 2020(01)
[4]内生真菌对兰科药用植物种子萌发作用研究进展[J]. 杨建文,凌鸿,张盈,曾旭,郭顺星. 菌物学报. 2018(01)
博士论文
[1]葡萄circRNA鉴定分析及Vv-circATS1的抗冷功能研究[D]. 高振.上海交通大学 2019
[2]玉米小斑病菌O小种分化鉴定与非编码RNA效应物研究[D]. 王猛.上海交通大学 2018
硕士论文
[1]番茄晚疫病密切相关circRNA及其功能初探[D]. 张敏.大连理工大学 2018
[2]在拟南芥中检测和验证环形RNA及其在植物与病原物互作中的作用研究[D]. 王彦如.南京农业大学 2016
本文编号：3536143
【文章来源】：浙江理工大学学报(自然科学版). 2020,43(06)
【文章页数】：6 页
【部分图文】：
差异circRNA聚类热图
以log2FC为横坐标,以t检验显著性检验-log10(p)为纵坐标,以所测得的circRNA为原始数据,得到的差异circRNA火山图(图2)。在图2中,log2FC>1.0部分代表在实验组中上调,log2FC<1.0为下调,-log10(p)>1.0 可认为具有一定的差异性,-log10(p)>1.3为具有显著的差异性。其中有部分只在实验组检测出的circRNA或只在对照组检测出的circRNA,因为换算成的log2FC值趋近正负无穷大而未能在图中显示出来(这部分可参照表5和表6)。从图2中可以看出,在此次所测得的两组样品中,circRNA的显著性差绝大部分在0.5以下,少部分在0.5～1.3之间,极少部分在1.3以上,而在后两个区间中,在实验组中上调的circRNA数量都比下调的要高。2.6 差异circRNA 的GO富集分析
通过对KEGG富集分析(表7和图4),发现显著差异的circRNA共富集在7条KEGG通路,7条KEGG通路中,有6条为上调circRNA的KEGG富集通路,1条为下调circRNA的KEGG富集通路。其中丁酸甲酯代谢途径(Butanoate metabolism)和错配修复途径(Mismatch repair)具有显著性差异,而磷酸肌醇代谢途径(Inositol phosphate metabolism)和磷脂酰肌醇信号系统(Phosphatidylinositol signaling system)差异性较小。表7 差异circRNA的KEGG富集分析表 通路ID 通路名称 circRNA编码 上调/下调 p值 ko00650 丁酸甲酯代谢途径 circRNA2827 上调 0.04 ko03430 错配修复途径 circRNA1301 上调 0.05 ko00250 丙氨酸,天门冬氨酸和谷氨酸代谢途径 circRNA2827 上调 0.06 ko03440 同源重组途径 circRNA120 上调 0.09 ko00330 精氨酸和脯氨酸代谢途径 circRNA1379 下调 0.09 ko00562 磷酸肌醇代谢途径 circRNA676 上调 0.12 ko04070 磷脂酰肌醇信号系统 circRNA676 上调 0.13
【参考文献】：
期刊论文
[1]CircRNA肿瘤相关生物学功能的研究进展[J]. 张晓云,孔鹏,窦永青,李秉慧. 生命的化学. 2020(04)
[2]circRNA的生物学功能及其在卵巢癌中的研究进展[J]. 刘致新,孙文洲,李佳欣,于丽波. 癌症进展. 2020(04)
[3]基于转录组测序对小麦抗叶锈性相关基因的筛选与分析[J]. 张艳俊,杨毅清,袁心悦,王海燕,刘大群. 河北农业大学学报. 2020(01)
[4]内生真菌对兰科药用植物种子萌发作用研究进展[J]. 杨建文,凌鸿,张盈,曾旭,郭顺星. 菌物学报. 2018(01)
博士论文
[1]葡萄circRNA鉴定分析及Vv-circATS1的抗冷功能研究[D]. 高振.上海交通大学 2019
[2]玉米小斑病菌O小种分化鉴定与非编码RNA效应物研究[D]. 王猛.上海交通大学 2018
硕士论文
[1]番茄晚疫病密切相关circRNA及其功能初探[D]. 张敏.大连理工大学 2018
[2]在拟南芥中检测和验证环形RNA及其在植物与病原物互作中的作用研究[D]. 王彦如.南京农业大学 2016
本文编号：3536143
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