长柄扁桃叶绿体基因组比较

发布时间：2022-02-13 21:03

　　蔷薇科桃属植物长柄扁桃Amygdalus pedunculataPall.是我国重点发展的12种木本油料作物之一。将自然生长在陕西省榆林市毛乌素沙地的长柄扁桃进行高通量测序、组装得到了GenBank登录号为MG602257的长柄扁桃叶绿体基因组。与NCBI中其他两个长柄扁桃叶绿体基因组（MG869261和KY101153）进行序列比对发现:长柄扁桃叶绿体基因组均呈现典型的4分区域结构;基因组序列GC含量均是36.8%;总长度MG602257<MG869261<KY101153,分别为157 851 bp、157 873 bp和157 948 bp;3个叶绿体基因组存在149个突变位点,包括93次替换事件、56次插入缺失事件、无小倒位事件。长柄扁桃叶绿体基因组密码子数目和RSCU值偏性分析具有极高的相似性。3个长柄扁桃叶绿体基因组在JLB/JSB/JSA/JLA四个边界有相同的基因类型和排列顺序,但在LSC/IRa边界JSA中,ndhF基因在MG602257和MG869261中的总长度相同,而在KY101153中总长度增加9bp;ycf1基因横跨IRb/SSC边界区,基因长度... 

【文章来源】：生物工程学报. 2020,36(12)北大核心CSCD

【文章页数】：10 页

【部分图文】：

长柄扁桃的叶绿体基因组不同序列插入缺失事件分布情况

长柄扁桃的叶绿体基因组插入缺失类型与数目

长柄扁桃和同属物种榆叶梅是多倍体植物，分类地位一直有争议[41-44]。在分子系统学中，高等植物叶绿体基因是研究植物分类中可依赖的材料。为阐明长柄扁桃在扁桃亚属上的系统进化位置和与近缘种的亲缘关系，本研究选取NCBI中全部已有的长柄扁桃叶绿体基因组，加上已公布的共9个物种的13条叶绿体基因组序列为研究对象构建进化树。选取的植物物种叶绿体基因组具体情况如表2所示。以MEGA5.5和Geneious软件构建NJ进化树如图8所示。图8中结果显示长柄扁桃MG602257、MG869261和KY101153三条序列聚为一支，KY101153与榆叶梅聚为一小支，显示长柄扁桃和榆叶梅亲缘关系相近，研究结果与董山平等学者结论一致[4,41-44]。图7 长柄扁桃叶绿体基因组密码子的RSCU值对比

【参考文献】：
期刊论文
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硕士论文
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本文编号：3623914