基于SLAF-Seq技术的广金钱草SNP位点开发及遗传分析

发布时间：2022-04-25 20:28

　　为分析不同来源广金钱草的遗传关系,本研究利用SLAF-seq技术对来自广东、广西、海南的20份广金钱草样品进行测序,共获得SLAF标签322 360个,鉴定到72 395个多态性SLAF标签。进行过滤后开发得到SNP多态标记220 704个,分析得到94 505个高一致性的群体SNP。通过对20份不同来源的广金钱草个体完成系统进化树、群体结构分析,结果表明,20份广金钱草来源于同一祖先,但由于地理隔离的影响使得个体间发生了遗传分化。通过系统进化树分析发现分布在广东、广西及海南琼中、屯昌的广金钱草具有较近的亲缘关系。研究结果为种质保护和遗传改良提供参考。 

【文章页数】：7 页

【文章目录】：
1 结果与分析
    1.1 测序数据与评估
    1.2 SLAF标签与SNP标记的鉴定
    1.3 遗传进化分析
        1.3.1 遗传多样性分析
        1.3.2 系统发育分析
        1.3.3 遗传结构分析
2 讨论
3 材料与方法
    3.1 试验材料
    3.2 基因组DNA制备
    3.3 酶切方案设计
    3.4 Illumina HiSeq测序及产出数据的质量分析
    3.5 SLAF标签和SNP标记开发


【参考文献】：
期刊论文
[1]不同地区广金钱草遗传多样性的ISSR分析[J]. 何博,许勇,杨旻,陈科力,黄必胜.  中国药师. 2016(05)
[2]基于SLAF-seq技术的甘薯SNP位点开发[J]. 苏文瑾,赵宁,雷剑,王连军,柴沙沙,杨新笋.  中国农业科学. 2016(01)
[3]贮藏时间对广金钱草种子质量的影响[J]. 杨全,唐晓敏,潘海运,梅凌峰,张春荣,程轩轩,黄璐琦.  中国中药杂志. 2015(20)
[4]广金钱草生殖生物学探索[J]. 潘海运,唐晓敏,杨全,程轩轩,张春荣,梅凌锋.  中国实验方剂学杂志. 2015(10)
[5]氮磷钾配比施肥对广金钱草产量及质量的影响[J]. 卢挺,杨全,唐晓敏,程轩轩,张春荣,潘海运.  广西植物. 2014(03)
[6]广金钱草种子萌发特性及种子硬实研究[J]. 唐晓敏,程轩轩,杨全,张春荣,卢挺,潘海运.  种子. 2014(03)
[7]不同种源地广金钱草药材质量变异与遗传多样性分析[J]. 杨全,卢挺,桑雪雨,陈泉,张春荣,唐晓敏,程轩轩,李书渊.  中国中药杂志. 2013(09)
[8]浙江产车前（Plantago asiatica）种群遗传分化的主坐标分析[J]. 郭水良,张东旭,曹同.  应用生态学报. 2002(10)

硕士论文
[1]广金钱草生长和品质适宜性区划研究[D]. 李丹.广东药科大学 2017



本文编号：3648287