花生异型雄蕊转录组分析

发布时间：2022-04-27 19:31

　　以花生（Arachis hypogaea Linn.）品种‘Florunner’为研究对象,利用RNA-seq技术对花生异型雄蕊进行转录组测序;在此基础上,运用Nr、KOG、GO和KEGG数据库进行同源序列比对和基因功能分析。结果显示:花生异型雄蕊转录组测序共获得数据量约31.46 G,其中,clean reads所占比例均在96.0%以上;经过组装和拼接后得到197 193个contigs,片段总长度240 463 900 bp,最长片段为15 810 bp,非冗余unigenes片段的平均长度为1 219 bp,GC含量为39.1%,片段长度N50为1 966 bp;长度大于等于1 000 bp的unigenes占unigenes总数的43.4%,表明组装完整性较高,可用于注释分析。与Nr数据库的比对结果显示:共有129 223个unigenes注释到Nr数据库,占unigenes总数的65.5%;其中,1×10^-100<E≤1×10^-5的unigenes占54.2%,说明注释的unigenes序列与Nr数据库的同源序列具有高度相似... 

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【文章目录】：
1 材料和方法
    1.1 材料
    1.2 方法
        1.2.1 总RNA的提取和检测
        1.2.2 文库制备和测序
        1.2.3 原始数据统计和功能注释
2 结果和分析
    2.1 测序结果和数据组装结果分析
    2.2 unigenes功能注释分析
        2.2.1 序列相似性分析
        2.2.2 KOG功能分析
        2.2.3 GO功能分析
        2.2.4 KEGG代谢通路分析
3 讨论和结论


【参考文献】：
期刊论文
[1]花生花器官形态建成及异型雄蕊发育研究[J]. 王海霞,陶莹芳,丁雨龙.  花生学报. 2019(02)
[2]被子植物退化雄蕊的功能类型及其意义[J]. 陈珊,任宗昕,王红,吴丁.  植物分类与资源学报. 2015(06)
[3]Intrafloral differentiation of stamens in heterantherous flowers[J]. 1,2Zhong-Lai LUO 1,2Lei GU 1Dian-Xiang ZHANG 1(South China Botanical Garden, Chinese Academy of Sciences, Guangzhou 510650, China) 2(Graduate University of Chinese Academy of Sciences, Beijing 100049, China).  Journal of Systematics and Evolution. 2009(01)
[4]异型雄蕊的研究进展[J]. 罗中莱,张奠湘.  热带亚热带植物学报. 2005(06)
[5]几个国外特异花生种质资源[J]. 栾文琪.  作物品种资源. 1991(01)



本文编号：3649044