InDel在种间进化关系研究中的解析力初探

发布时间：2022-12-08 03:52

　　系统发育分析是揭示物种间进化关系的重要方法。由于插入/缺失（Insertion/Deletion, InDels）变异情况的复杂性,大多数研究进行系统发育分析时往往只考虑单核苷酸碱基替换（Single nucleotide polymorphism, SNPs）,忽略了InDels的遗传变异信息。为揭示InDels在系统发育分析中的解析力,本研究对花生属13个物种叶绿体基因组全序列的遗传变异信息（SNPs和InDels）进行统计和处理,首先依据全部SNPs变异所构建系统树的拓扑结构,确定的NJ树分支系统关系揭示所需SNPs饱和变异数目。结果显示,当SNP数目达到3000个之后,拓扑结构持续保持稳定。研究发现InDels能够增加系统发育树中某些节点的分辨率,但其解析力低于同等数目的SNP的解析力。综上,InDels作为主要遗传变异形式之一,能够为准确解析系统进化关系提供有力支持。 

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【文章目录】：
1 数据与方法
    1.1 花生叶绿体基因组数据收集
    1.2 序列对齐及变异处理
    1.3 SNP变异构树饱和度
    1.4 系统发育树的构建
        1.4.1 利用MEGA v6.0进行NJ树的构建
        1.4.2 利用MEGA v6.0进行MP树的构建
2 结果与分析
    2.1 系统发育树构建所需SNP数目饱和度分析
    2.2 InDels对系统发育树的影响及其解析力分析
3 讨 论
4 结 论


【参考文献】：
期刊论文
[1]Development of genome-wide insertion/deletion markers in rice based on graphic pipeline platform[J]. Yang L,Xiao Cui,Rui Li,Piaopiao Huang,Jie Zong,Danqing Yao,Gang Li,Dabing Zhang,Zheng Yuan.  Journal of Integrative Plant Biology. 2015(11)



本文编号：3713493