木本油料植物光皮树SSR特征分析及其SSR-PCR反应体系优化

发布时间：2023-06-18 00:36

　　本研究基于木本油料植物光皮树叶片转录组数据,利用软件MISA (1.0)对所有Unigene进行SSR搜索、检测和特征分析。结果显示,光皮树叶片转录组36 839条Unigene,有8 945条Unigene含有SSR。一共有SSR位点12 538个,出现频率约为2 514 bp/个。其中完整型和混合型SSR位点个数分别为11 050和1 488,一条Unigene中含有5、4、3、2、1个SSR位点的分别有11、37、199、1 329、8 540条。SSR丰富度依次为二、一、三、四、六、五核苷酸,分别有7 282、3 388、1 675、96、59、38个。SSR共有210种重复基元,从一核苷酸到六核苷酸分别有4、12、60、52、27、55种。其中SSR重复基元的重复次数均在5～44次,重复次数主要集中在4～15次,占94.47%。不同类型SSR重复基元频率最高的4类碱基序列依次为AG/CT、A/T、AT/AT和AC/CT,以二核苷酸为主。通过正交实验,得出SSR-PCR反应体系最佳组合为:退火温度55℃+循环次数34+模板浓度50 ng/μL+引物量0.5μL。SSR-PCR反...

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【文章目录】：
1 结果与分析
    1.1 RNA质量检测
    1.2 光皮树叶片转录组测序与拼接组装
    1.3 SSR数量及分布特点
    1.4 SSR重复基元类型特征分析
    1.5 SSR不同重复基元碱基特征分析和长度分布
    1.6 光皮树SSR-PCR反应体系优化
2 讨论
3 材料与方法
    3.1 实验材料
    3.2 总RNA提取与检测
    3.3 转录组测序与拼装
    3.4 DNA提取
    3.5 DNA质量与SSR-PCR产物检测
    3.6 引物合成参数与反应体系



本文编号：3834442