基于转录组的夏枯草WRKY转录因子的鉴定和表达特征分析

发布时间：2024-03-26 01:29

　　目的:利用生物信息学方法从夏枯草(Prunella vulgaris)转录组数据中筛选,鉴定夏枯草WRKY转录因子,并对其蛋白特征、表达水平进行分析。方法:从夏枯草转录组数据库中筛选WRKY转录因子,并对蛋白基序、理化性质、功能注释、系统进化、表达特性等进行分析,并预测其功能。结果:从夏枯草中共获得23条WRKY转录因子序列。序列结构分析发现,夏枯草WRKY蛋白均包含一个保守的WRKYGQK模块,通过与拟南芥同源蛋白进行进化分析表明,夏枯草WRKY蛋白可分为I和Ⅱ型2种类型;I组共有7个成员;Ⅱ组共有16个成员,Ⅱ组可进一步分为Ⅱ-b(3个),Ⅱ-c(5个),Ⅱ-d(3个)和Ⅱ-e(5个)4个亚组。夏枯草WRKY蛋白的理化特性分析结果表明,WRKY蛋白的氨基酸数在85～599个之间;相对分子质量在9 527.5～66 438.4 Da;理论等电点在5.01～9.83;其中c13719.graph_c0,c32199.graph_c0,c24547.graph_c0,c37881.graph_c0等可能在夏枯...

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【部分图文】：

图1夏枯草WRKY蛋白家族序列比对（Ⅰ型）

利用DNAMAN5.1序列分析软件对夏枯草WRKY转录因子的结构域蛋白序列进行鉴定和分析。结果显示，根据WRKY保守域可分为Ⅰ和Ⅱ型2种类型，Ⅰ组可进一步分为I-N和I-C亚组，Ⅰ组共有7个成员，其N端WRKY七肽域和锌指结构为WRKYGQK和CX4CX22HXH形式，C端WRK....

图2夏枯草WRKY蛋白家族序列比对（Ⅱ型）

图1夏枯草WRKY蛋白家族序列比对（Ⅰ型）2.4夏枯草WRKY基因家族基序分析

图3夏枯草WRKY转录因子基序分析

利用在线软件MEME对夏枯草WRKY家族蛋白序列进行分析，结果显示，夏枯草WRKY基因家族包含10个保守元件，不同的夏枯草WRKY基因含有的motif和种类不尽相同，见图3。对23个夏枯草转录因子家族蛋白上所含的10个基序所分布的规律分析发现，除夏枯草c27218.graph＿c....

图4夏枯草WRKY家族蛋白与拟南芥WRKY家族蛋白进化树（I型）

从PlantTFDB数据库中下载拟南芥56个WRKY家族蛋白氨基酸序列，采用MEGA6.0软件对夏枯草23个和拟南芥56个（I型蛋白15个，Ⅱ型蛋白41个）WRKY蛋白序列，构建系统进化树。夏枯草WRKY蛋白可分为2大类，以拟南芥WRKY蛋白区分，可将夏枯草Ⅱ型细分为Ⅱ-b，Ⅱ-....

本文编号：3939159