基于SNP的多重位点特异性PCR鉴别不同居群竹节参

发布时间：2024-04-24 04:29

　　竹节参,五加科人参属,是具有极高药用价值的珍稀濒危药用植物。但竹节参的居群混杂亟需建立一种能准备鉴别竹节参不同居群来源的方法。基于前期比较转录组数据筛选竹节参SNP位点,并基于这些SNP位点设计特异性引物,并对来自不同居群的竹节参(云南鲁甸、湖北华中药用植物园、四川乐山、陕西平利县、湖北七姊妹山)进行PCR鉴定和优化。结果筛选得到磷酸甲羟戊酸激酶1(PMK1)基因上的A/G点突变是可鉴别不同居群竹节参遗传变异的有效SNP位点。本实验室初步建立了基于竹节参的单核苷酸多态性(SNP)位点的PCR体系,进一步鉴别了不同居群的竹节参,为实现竹节参及其近缘种的分子鉴别奠定基础。

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【部分图文】：

图1SNP突变类型分布

通过转录组的数据的拼接比对,初步筛选获得了371358个单位点突变。其中以质量值大于等于30的位点有218464个,其中包括碱基转换位点126262个,颠换型位点92203个,转换与颠换比为1.37。在转换位点中,A/G和G/A分别有27317个(占比21.63%),3....

图2PCR扩增电泳

初步筛选出能用于后续实验验证的结果后,采用竹节参模板DNA(DNA1-5:①四川乐山竹节参、②湖北华中药用植物园竹节参、③云南鲁甸竹节参、④湖北七姊妹山竹节参、⑤陕西平利县竹节参)继续进行实验。为了使扩增出的产物在电泳结果中能显示出更明亮的条带,实验在原来的梯度退火温度上继续提升....

图3不同居群竹节参DNA的多态性

接下来设计实验消除非特异性条带以及筛选在5个不同来源竹节参中均能体现多态性的引物。在正常实验的条件下,对实验的退火温度进行了三次调整。在引物原有的退火温度基础上提升1℃(57℃)、3℃(59℃)后,结果显示非特异性条带十分明显,且几乎无特异性条带。而退火温度提升2℃(5....

本文编号：3963234