基于蛇足石杉转录组测序筛选及分析光周期相关基因

发布时间：2024-05-13 19:19

　　蛇足石杉(Huperzia serrata (Thunb.) Trevis)是石杉科植物,其含有石杉碱等成分具有药用价值。但该植物生长缓慢、栽培不稳定、生物产量低。光周期(Circadian rhythm)基因对于植物的生长发育非常关键。本研究通过对蛇足石杉的根、茎、叶、芽和孢子进行转录组测序,得到82 238个unigenes,平均长度为958 bp,本地blast显示本实验转录组测序结果与之前报道的结果相似性高、结果可靠。通过比较和分析差异基因,进一步在光周期通路中筛选出294个基因,构建了22个显著差异表达基因的相互作用网络并进行分析,指出潜在的关键基因为COP1、LHY、PIF3及CDF1等。这些结果为深入开展蛇足石杉孢子对光线的反应及环境适应等研究提供了理论依据。

【文章页数】：8 页

【部分图文】：

图1蛇足石杉差异表达基因(DEGs)的统计分析

通过分析孢子与芽差异表达基因，在蛇足石杉光周期途径(ko04712)中鉴定出294个基因，其中21个是经注释的基因或基因家族。根据这些基因在通路中的位置，利用Cytoscape2.8.3软件构建了这些基因之间的相互作用网络(图5;表2)，其网络参数如下：中介中心性(0～0.2)....

图2蛇足石杉差异表达基因(DEGs)交集和并集的聚类热图

图1蛇足石杉差异表达基因(DEGs)的统计分析图3蛇足石杉孢子和芽差异表达基因(DEGs)的基因本体(GO)功能分类

图3蛇足石杉孢子和芽差异表达基因(DEGs)的基因本体(GO)功能分类

图2蛇足石杉差异表达基因(DEGs)交集和并集的聚类热图光形态发生基因1(COP1)在调控网络中占据中心位置。其次是LHY基因、光敏色素互作因子3(PIF3)和细胞生长缺陷因子蛋白(CDF1)、FT互作蛋白(FT)、光敏色素B(PhyB)等共8个基因。为了阐明这8个基因在....

图4蛇足石杉孢子和芽差异表达基因KEGG通路富集分析

本实验中，在H.serrata中鉴定了4个PHY基因，其中一个由于长度很短(只有282bp)而被排除。剩余的3个PHY基因Hsunigene41229、HsUnigene-28149和Hsunigene31773在孢子和芽之间有差异表达。构建了一个光敏色素基因的系统发育树，包....

本文编号：3972590