狂犬病与埃博拉病毒病的传播动态及其病原的系统发育地理学研究

发布时间：2016-10-02 06:58

第一章 前 言

目前传染病的复发和流行已不仅是健康问题，也成为涉及到社会稳定和人心安定的全球公共卫生问题，这也提示了开展传染病流行和传播规律、传播风险评估及预测预警研究的必要性。传染病的发生与流行，是病原体、环境和宿主三者相互作用的结果，其影响因素多而且具有明显的区域性差异，自然条件、社会经济状况以及人类生产活动、行为方式等环境因素不仅直接影响传染病的传播，而且还决定病原体及其宿主、媒介的时空分布，从而导致传染病和病原的分布往往具有明显的时空特异性。因此，目前迫切需要采用新的技术手段，开展传染病分布动态及传播风险预测，环境因素对传染病传播、蔓延和疫区演化、变迁的影响，传染病病原体的时空迁移图谱以及病原体、环境和宿主之间相互作用的研究。近些年，人们逐渐认识到时间、空间这两个关键的信息能给传染病及其病原的研究带来巨大价值，从而促进了空间信息技术和系统发育地理学分析技术在公共卫生领域的快速发展与应用。它们从传染病本身及其病原体的角度出发，有效地利用了现有的数据，主要目的在于全面系统地挖掘传染病流行病学特征、传播动态及其时空分布格局，从而探索和评估与传染病相关的因素，以期更好地认识传染病的流行规律和传播风险，从而为制订防控策略、进行快速有效的应急反应提供科学支持，保障人类健康和生命安全。

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第二章 我国狂犬病的传播动态及其病原的系统发育地理学研究

2.1 研究背景

我国目前是全球狂犬病流行的重灾区，尤其是我国的农村地区，我国的狂犬病发病率在全球排名第二，仅次于印度[7]，所以说狂犬病是我国一个长存已久的严重的公共卫生问题。狂犬病在我国属于乙类传染病，其死亡人数一直居我国法定报告传染病死亡数的前三位，对我国人民的健康构成了严重威胁，是严重的公共卫生问题。1950-2004 年期间，我国就报道了将近 108412 例狂犬病病例[8,9]。近些年，由于我国经济的快速增长，人们跨区迁徙、饲养宠物等活动日益频繁，使得我国狂犬病在 20 世纪末期就迎来了狂犬病第三波流行高峰，同时也呈现出疫区扩散的趋势，我国近十年来每年因狂犬病死亡人数平均都超过了 1000 例[10,11]。有报道指出狂犬病复发和扩散的主要原因是近些年我国本地犬数量的快速增长、较低的犬免疫覆盖率和人被犬抓伤或咬伤暴露后的消极治疗[12-16]。此外，我国部分农村地区可能存在漏报的情况，加上本地犬数目和动物狂犬病综合监测等数据的缺乏，导致国内目前对狂犬病的疾病负担估计也相对局限[15,17]。

2.2 资料来源及处理

为了描述我国狂犬病的发病趋势和季节性特征，利用 Microsoft Excel 2010 整理2004-2013 年我国狂犬病患者的报告卡数据，统计全国逐月发病率和年发病率，绘制并叠加月发病率柱状图和年发病率流行曲线；为了描述我国狂犬病的发病人群特征，以 10 岁为间隔划分年龄组（50 岁以上单独为一组），统计各年龄组的男女发病率，并用柱状图表示，并统计不同职业人群的发病百分比，同时统计不同时间段、不同县区的人群分布特征，比较它们的差异；为了探索我国狂犬病的时空分布动态，根据我国各县区狂犬病的发病数和人口数计算各县区的年发病率，利用 ArcGIS 软件，通过县区代码将各县区的流行情况与全国县区基础地图关联，，绘制每年的县区发病率分布图，展示发病率逐年的动态分布趋势；为了更好地展示和比较各省流行的动态变化，统计各省的狂犬病年发病数，以柱状图的形式展示各省近十年的发病变化。

第三章 塞拉利昂埃博拉病毒病的传播动态及干预措施效能研究........................44

3.1 研究背景..... 44
3.2 资料来源.......... 46
3.3 分析方法..................49
第四章 塞拉利昂埃博拉病毒的遗传多样性及其系统发育地理学研究................88
4.1 研究背景...............88
4.2 资料来源.....................89
4.3 分析方法...........................90
4.4 研究结果.........................91
第五章 全文总结...................107

第四章 塞拉利昂埃博拉病毒的遗传多样性及其系统发育地理学研究

4.1 研究背景

2014 年前，研究人员从非人类灵长类动物中获取的 EBOV 全基因组序列较少，根据仅有的一些序列进行了分子钟溯源进化分析，发现这五种亚型在数千年前就开始分化。有研究者对 2013 年前的 97 株丝状病毒的基因组进行了共同祖先分析，发现莱斯顿型 EBOV 和扎伊尔型 EBOV 的共同祖先可能出现在 50 年前，马尔堡病毒和苏丹型的共同祖先则出现在 700 年～850 年前[5,7]。近些年，基于基因测序的实时PCR 技术快速发展，实际应用中不但能够实时获得检测结果，还可以通过设计不同的引物对病原耐药位点、毒力位点突变情况进行检测，从而指导临床救治和疫情防控。随着新一代测序技术的发展，2014 年西非疫情暴发后，中国、美国、英国、法国、荷兰等国的传染病防控专家不仅积极协助西非防控 EVD 疫情，而且也为 EBOV的科学研究做出了重要的贡献，共测出了近千条 EBOV 的全基因组序列，为 EBOV的分子进化特征研究、疫苗和治疗药物的研制等方面做了很好铺垫。

4.2 资料来源

收集所有公开发表的、来自塞拉利昂的 EBOV 全基因组序列，该序列中记录样本的采样时间和采样地点，该数据主要来源于美国共享的 GenBank 数据库()，下载的序列有部分缺乏发病地点和分离时间等信息，这些缺失的信息主要从已发表的文献中补充获取[8-11,17]。另外，我们还收集了 3 条来自几内亚国家的 EBOV 全基因组序列，这 3 条序列是西非 EVD 疫情中最早分离出来的序列，纳入这 3 条序列旨在于确定系统发育树的根。此外，中国移动实验检测队在塞拉利昂执行 EBOV 检测任务期间，测序了60 条新的 EBOV 全基因序列，采样时间为 2014 年 10 月 7 日至 2014 年 11 月 11日。本研究纳入了这 60 条新的 EBOV 全基因组序列。
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第五章 全文总结

我国狂犬病的传播动态及其病原的系统发育地理学研究：明确了我国近十年来狂犬病疫情的流行动态及三间分布特征，探索了高发热点区的演化趋势，通过将狂犬病的时空扩散动态进行可视化展示，我们全面地认识到我国狂犬病在近些年的发病总数虽逐年下降，但总体疫情却呈现出一种―由高发区向低发区或无病例区扩散，由东部、南部地区向西部、北部地区扩散‖的流行态势，这表明我国狂犬病的防控工作不仅要关注高发地区，还应加强对高发区周边的低发地区和新出现疫情地区的防控工作。另外，利用面板 Poisson 回归，我们探索并评估了人均经济水平和人均教育水平对我国狂犬病流行的影响，还发现了动物疫情的暴发对狂犬病的流行具有预警作用，这些提示着我国应重点关注农村地区或落后地区的狂犬病防控工作，提高这些地区的卫生资源分配和防控力度。通过进一步的系统发育地理学研究，发现我国狂犬病高发地区的狂犬病毒遗传多样性比较丰富，低发地区则比较单一，这很好地提示了这些高发地区可能是狂犬病毒进化和对外传播的中心区。我们同时还明确了Clade I 和 Clade II 这两大狂犬病毒家系是我国近些年狂犬病流行和扩散的主要家系，尤其是 Clade I-G，这给我国未来的狂犬病病原监测和疫苗研究提供了重点方向。

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参考文献（略）

本文编号：128476