“三台”核桃不同成熟期果实转录组分析
发布时间：2021-07-21 19:03
以云南优良品种"三台"核桃4个不同成熟期种仁为材料,从分子水平上探索云南核桃（Juglans sigillata）种子不同成熟期种仁合成相关基因的表达模式。共有53 868条unigenes得到了注释,其中33 407条unigenes注释在Nr数据库中;31 725条unigenes注释在KEGG数据库中;Swissprot数据库中注释到19 842条unigenes;COG数据库中注释到16 655条unigenes。四大数据库共注释到33 753条unigenes,占总unigenes的62.66%。CK-vs-HT1、CK-vs-HT2、CK-vs-HT3、HT1-vs-HT2、HT1-vs-HT3、HT2-vs-HT3分别有2 417、2 703、4 166、1 256、5 347、3 283条上调表达的差异基因和9 515、12 455、9 498、1 751、3 132、1 365条下调表达的差异基因。不同时期基因差异表达富集度最高的为脂肪酸生物合成代谢通路。核桃果实在成熟中后期,油脂及蛋白大量积累,相关基因表达量增加。
【文章来源】：安徽农业科学. 2020,48(23)
【文章页数】：6 页
【部分图文】：
“三台”核桃四大数据库注释维恩图
Nr数据库属于非冗余蛋白序列数据库NR(non-redundant protein sequence database)非冗余蛋白库,NCBI收录,所有GenBank+EMBL+DDBJ+PDB中的非冗余蛋白序列,对于所有已知的或可能的编码序列,NR记录中都给出了相应的氨基酸序列(通过已知或可能的读码框推断而来)以及专门蛋白数据库中的序列号[13]。“三台”核桃序列与Nr数据库比对的结果如图2。其中有25 505条unigenes比对到云南核桃即铁核桃上,基因配比率达76.34%,其余依次为土瓶草(2.46%)、可可(2.12%)、葡萄(1.14%)、木豆(1.01%)、黄麻(0.85%)、粉掌(0.76%)、枣(0.74%)、乌梅(0.61%)等。而其余13.37%的序列没有明确匹配到相应物种,可能是因为分散到了多种其他物种,或由于产生了一些数据库里没有的新基因。2.4 KEGG pathway分析
表2 “三台”核桃转录组的KEGG注释结果统计Table 2 Statistics of KEGG annotation results of Santai walnut transcripts KEGG代表类别KEGG categories represented 基因数Number of uniques 新陈代谢Metabolism 6 662 遗传信息过程Genetic information processing 2 498 环境信息过程Environmental information processing 546 细胞过程Cellular processes 567 生物系统Organismal systems 422 合计Total 10 6952.5 COG功能分类
【参考文献】：
期刊论文
[1]NaCl处理谷子萌发期种子的转录组学分析[J]. 潘教文,李臻,王庆国,管延安,李小波,戴绍军,丁国华,刘炜. 中国农业科学. 2019(22)
[2]核桃种子油脂转化期转录组分析[J]. 杨丽,陈虹,潘存德,尚刘群,方淼,赵明明. 果树学报. 2017(09)
博士论文
[1]三桠苦种子休眠的解除方法和初步机理研究[D]. 鲁强.广州中医药大学 2019
[2]‘红阳’猕猴桃果实发育转录组及花青素累积机理研究[D]. 李文彬.中国科学院研究生院(武汉植物园) 2015
[3]萝卜铅（Pb）胁迫响应的分子机制研究[D]. 王燕.南京农业大学 2014
硕士论文
[1]灵武长枣嫁接与根蘖繁殖植株生长、果实特性的比较[D]. 白琳云.宁夏大学 2019
[2]熏硫及脱硫处理对龙眼贮藏生理的影响及转录组研究[D]. 刘文浩.华南农业大学 2016
[3]核桃胚脂肪积累期转录组分析[D]. 张楠.山东农业大学 2014
本文编号：3295597
【文章来源】：安徽农业科学. 2020,48(23)
【文章页数】：6 页
【部分图文】：
“三台”核桃四大数据库注释维恩图
Nr数据库属于非冗余蛋白序列数据库NR(non-redundant protein sequence database)非冗余蛋白库,NCBI收录,所有GenBank+EMBL+DDBJ+PDB中的非冗余蛋白序列,对于所有已知的或可能的编码序列,NR记录中都给出了相应的氨基酸序列(通过已知或可能的读码框推断而来)以及专门蛋白数据库中的序列号[13]。“三台”核桃序列与Nr数据库比对的结果如图2。其中有25 505条unigenes比对到云南核桃即铁核桃上,基因配比率达76.34%,其余依次为土瓶草(2.46%)、可可(2.12%)、葡萄(1.14%)、木豆(1.01%)、黄麻(0.85%)、粉掌(0.76%)、枣(0.74%)、乌梅(0.61%)等。而其余13.37%的序列没有明确匹配到相应物种,可能是因为分散到了多种其他物种,或由于产生了一些数据库里没有的新基因。2.4 KEGG pathway分析
表2 “三台”核桃转录组的KEGG注释结果统计Table 2 Statistics of KEGG annotation results of Santai walnut transcripts KEGG代表类别KEGG categories represented 基因数Number of uniques 新陈代谢Metabolism 6 662 遗传信息过程Genetic information processing 2 498 环境信息过程Environmental information processing 546 细胞过程Cellular processes 567 生物系统Organismal systems 422 合计Total 10 6952.5 COG功能分类
【参考文献】：
期刊论文
[1]NaCl处理谷子萌发期种子的转录组学分析[J]. 潘教文,李臻,王庆国,管延安,李小波,戴绍军,丁国华,刘炜. 中国农业科学. 2019(22)
[2]核桃种子油脂转化期转录组分析[J]. 杨丽,陈虹,潘存德,尚刘群,方淼,赵明明. 果树学报. 2017(09)
博士论文
[1]三桠苦种子休眠的解除方法和初步机理研究[D]. 鲁强.广州中医药大学 2019
[2]‘红阳’猕猴桃果实发育转录组及花青素累积机理研究[D]. 李文彬.中国科学院研究生院(武汉植物园) 2015
[3]萝卜铅（Pb）胁迫响应的分子机制研究[D]. 王燕.南京农业大学 2014
硕士论文
[1]灵武长枣嫁接与根蘖繁殖植株生长、果实特性的比较[D]. 白琳云.宁夏大学 2019
[2]熏硫及脱硫处理对龙眼贮藏生理的影响及转录组研究[D]. 刘文浩.华南农业大学 2016
[3]核桃胚脂肪积累期转录组分析[D]. 张楠.山东农业大学 2014
本文编号：3295597
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