草莓TCP转录因子家族生物信息学鉴定及基因表达分析
发布时间：2021-08-09 08:05
TCP转录因子家族是植物特异的一类调控逆境胁迫的重要转录因子。该研究利用生物信息学方法对草莓TCP转录因子家族成员进行鉴定,采用qRT-PCR方法检测转录因子家族在非生物胁迫中的表达,并对相应转录因子家族基因的结构和功能进行了预测,为探究TCP转录因子在森林草莓非生物胁迫中的作用奠定基础。结果显示:（1）从森林草莓（Fragaria vesca）基因组和凤梨草莓（Fragaria ananassa）基因组中分别筛选了18个和58个TCP基因,并根据基因在染色体上的位置分别命名为FvTCP1～FvTCP18和FaTCP1～FaTCP58,亚细胞定位显示TCP家族基因主要位于细胞核上。（2）qRT-PCR分析表明,森林草莓家族基因对逆境胁迫具有响应作用,但不同成员在不同胁迫处理下的响应程度存在差异,FvTCP14在200 mmol·L-1 NaCl、10%PEG、100μmol·L-1 ABA、4℃低温、40℃高温和100 mmol·L-1 H2O2处理下相对表达量极显著高于对照,...
【文章来源】：西北植物学报. 2020,40(12)北大核心CSCD
【文章页数】：13 页
【部分图文】：
草莓TCP转录因子家族基因定位和共线性分析
草莓TCP转录因子家族密码子使用偏好性分析
利用 CodonW 1.4.4 和 EMBOSS1.4.2 软件对森林草莓和凤梨草莓TCP基因进行分析发现，两个物种在密码子使用上，某些基因间存在差异。森林草莓FvTCP5对GAC、GAG、CCC、UCC、GCC、GGA、GCU、AUG和AAG密码子使用频率均较高，FvTCP3和FvTCP14对CAG的使用频率高于其他密码子，FvTCP8对CAA的使用频率高于其他密码子，在凤梨草莓中，FaTCP12、FaTCP44和FaTCP48对CAG的使用频率高于其他密码子，FaTCP46、FaTCP23和FaTCP24偏向于使用CAA,但这两个物种在密码子使用上也有相同点，AAC、CAG在森林草莓和凤梨草莓中使用频率均较高。从氨基酸的使用来分析，凤梨草莓偏向于使用谷氨酰胺(Gln)和天冬酰胺(Asn),而森林草莓除偏向使用这两种氨基酸外，还偏向使用赖氨酸(Lys)(图5)。PCF亚族成员密码子使用频率较高，其中对CAG、GAG、UCC、GCC、GGA、AUG和AAG的使用频率高于其他密码子。表3 草莓TCP转录因子氨基酸保守序列Table 3 Conserved motifs of TCP transcription factors in strawberry 保守基序编号Conserved motif 氨基酸数Number of amino acids 氨基酸保守序列Amino acid conserved sequence motif1 50 DRHTKVGGRGRRIRLPATCAARFFQLTRELGHKSDGETIEWLLEKAEPAI motif2 29 IAATGTGTIPAIAVSVNGSLKIPTSSLSS motif3 15 GGPVSRASGKKDRHS motif4 21 GHALLHHHQQQQQQTHQQQQQ motif5 20 AKASRVKARARARERTREKM motif6 21 ELPRKKRRLHCNSEFVDVEDL motif7 41 SSDTSATTAAPMSHTQLLRDLSLDTLDKRELQFLGDLCGNS motif8 29 PMWQFGANVPAVPFFMFPNSGWAIPSDSV
【参考文献】：
期刊论文
[1]二倍体马铃薯StBRC1a功能缺失突变体的获得及其功能分析[J]. 冯爽爽,罗嘉翼,朱曦鉴,蒋继滨,黄三文,张金喆. 园艺学报. 2020(01)
[2]茶树TCP家族的全基因组鉴定及其表达分析[J]. 周棋赢,韩月华,祝悦,陈赛,李先文,彭波,袁红雨. 园艺学报. 2019(10)
[3]谷子TCP基因家族成员序列特征及表达模式分析[J]. 连卜颍,王喆,韩尚玲,侯思宇,韩渊怀,李红英. 分子植物育种. 2020(03)
[4]草莓茎尖组培消毒方法及激素配比的优选[J]. 连朋,杜梦卿,王丽娟. 天津农学院学报. 2019(03)
[5]高粱TCP基因家族全基因组鉴定及表达分析[J]. 郑玲,白雪婷,李会云. 河南农业科学. 2019(10)
[6]桃TCP转录因子家族的鉴定与分析[J]. 韩继红,刘金凤,刘慧敏. 分子植物育种. 2020(16)
[7]葡萄Trihelix转录因子家族生物信息及其基因表达分析[J]. 卢世雄,王萍,何红红,梁国平,马宗桓,乔亚丽,吴玉霞,陈佰鸿,毛娟. 园艺学报. 2019(07)
[8]龙眼Hsf基因家族密码子使用模式分析[J]. 王云,彭丽云,苏立遥,李蓉,陈裕坤,林玉玲,赖钟雄. 分子植物育种. 2019(17)
[9]番茄TCP转录因子家族的鉴定和生物信息学分析[J]. 李菲,何小红,张宇斌,乙引. 分子植物育种. 2018(21)
[10]小麦TCP基因家族的全基因组鉴定和对热胁迫的响应[J]. 丁宁,李梓彰,田文,党仁美,刘媛媛,闻珊珊. 麦类作物学报. 2018(10)
博士论文
[1]拟南芥转录因子TCP2与CRY1相互作用的遗传学与生化分析[D]. 何志敏.湖南大学 2016
硕士论文
[1]辣椒全基因组TCP转录因子家族的鉴定及相关分析[D]. 冯羽娥.西北农林科技大学 2017
[2]西瓜TCP转录因子的鉴定及功能分析[D]. 时丕彪.浙江大学 2016
本文编号：3331699
【文章来源】：西北植物学报. 2020,40(12)北大核心CSCD
【文章页数】：13 页
【部分图文】：
草莓TCP转录因子家族基因定位和共线性分析
草莓TCP转录因子家族密码子使用偏好性分析
利用 CodonW 1.4.4 和 EMBOSS1.4.2 软件对森林草莓和凤梨草莓TCP基因进行分析发现，两个物种在密码子使用上，某些基因间存在差异。森林草莓FvTCP5对GAC、GAG、CCC、UCC、GCC、GGA、GCU、AUG和AAG密码子使用频率均较高，FvTCP3和FvTCP14对CAG的使用频率高于其他密码子，FvTCP8对CAA的使用频率高于其他密码子，在凤梨草莓中，FaTCP12、FaTCP44和FaTCP48对CAG的使用频率高于其他密码子，FaTCP46、FaTCP23和FaTCP24偏向于使用CAA,但这两个物种在密码子使用上也有相同点，AAC、CAG在森林草莓和凤梨草莓中使用频率均较高。从氨基酸的使用来分析，凤梨草莓偏向于使用谷氨酰胺(Gln)和天冬酰胺(Asn),而森林草莓除偏向使用这两种氨基酸外，还偏向使用赖氨酸(Lys)(图5)。PCF亚族成员密码子使用频率较高，其中对CAG、GAG、UCC、GCC、GGA、AUG和AAG的使用频率高于其他密码子。表3 草莓TCP转录因子氨基酸保守序列Table 3 Conserved motifs of TCP transcription factors in strawberry 保守基序编号Conserved motif 氨基酸数Number of amino acids 氨基酸保守序列Amino acid conserved sequence motif1 50 DRHTKVGGRGRRIRLPATCAARFFQLTRELGHKSDGETIEWLLEKAEPAI motif2 29 IAATGTGTIPAIAVSVNGSLKIPTSSLSS motif3 15 GGPVSRASGKKDRHS motif4 21 GHALLHHHQQQQQQTHQQQQQ motif5 20 AKASRVKARARARERTREKM motif6 21 ELPRKKRRLHCNSEFVDVEDL motif7 41 SSDTSATTAAPMSHTQLLRDLSLDTLDKRELQFLGDLCGNS motif8 29 PMWQFGANVPAVPFFMFPNSGWAIPSDSV
【参考文献】：
期刊论文
[1]二倍体马铃薯StBRC1a功能缺失突变体的获得及其功能分析[J]. 冯爽爽,罗嘉翼,朱曦鉴,蒋继滨,黄三文,张金喆. 园艺学报. 2020(01)
[2]茶树TCP家族的全基因组鉴定及其表达分析[J]. 周棋赢,韩月华,祝悦,陈赛,李先文,彭波,袁红雨. 园艺学报. 2019(10)
[3]谷子TCP基因家族成员序列特征及表达模式分析[J]. 连卜颍,王喆,韩尚玲,侯思宇,韩渊怀,李红英. 分子植物育种. 2020(03)
[4]草莓茎尖组培消毒方法及激素配比的优选[J]. 连朋,杜梦卿,王丽娟. 天津农学院学报. 2019(03)
[5]高粱TCP基因家族全基因组鉴定及表达分析[J]. 郑玲,白雪婷,李会云. 河南农业科学. 2019(10)
[6]桃TCP转录因子家族的鉴定与分析[J]. 韩继红,刘金凤,刘慧敏. 分子植物育种. 2020(16)
[7]葡萄Trihelix转录因子家族生物信息及其基因表达分析[J]. 卢世雄,王萍,何红红,梁国平,马宗桓,乔亚丽,吴玉霞,陈佰鸿,毛娟. 园艺学报. 2019(07)
[8]龙眼Hsf基因家族密码子使用模式分析[J]. 王云,彭丽云,苏立遥,李蓉,陈裕坤,林玉玲,赖钟雄. 分子植物育种. 2019(17)
[9]番茄TCP转录因子家族的鉴定和生物信息学分析[J]. 李菲,何小红,张宇斌,乙引. 分子植物育种. 2018(21)
[10]小麦TCP基因家族的全基因组鉴定和对热胁迫的响应[J]. 丁宁,李梓彰,田文,党仁美,刘媛媛,闻珊珊. 麦类作物学报. 2018(10)
博士论文
[1]拟南芥转录因子TCP2与CRY1相互作用的遗传学与生化分析[D]. 何志敏.湖南大学 2016
硕士论文
[1]辣椒全基因组TCP转录因子家族的鉴定及相关分析[D]. 冯羽娥.西北农林科技大学 2017
[2]西瓜TCP转录因子的鉴定及功能分析[D]. 时丕彪.浙江大学 2016
本文编号：3331699
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