基于SSR和InDel标记的大翼橙亚属种质遗传多样性及群体结构分析
发布时间：2021-11-15 06:43
元江宜昌橙是在云南元江县新发现的宜昌橙（Citrus ichangensis Swingle）原始野生资源。为了解元江宜昌橙与长江流域宜昌橙的遗传差异,以及元江宜昌橙野生种群内个体间的遗传差异,利用筛选的21对SSR和InDel引物对元江宜昌橙群体、长江流域宜昌橙群体、大翼橙群体、香橙（C.junos Siebold ex Tanaka）群体等4个群体的48份资源进行了遗传多样性分析。结果表明,21对引物共产生了131条多态性条带,平均每对引物检测到6.2个多态性条带,多态性标记位点的香农信息指数为0.14～1.11,平均期望杂合度为0.04～0.97。群体遗传结构分析、UPGMA聚类分析和主坐标分析均表明,元江宜昌橙是不同于长江流域宜昌橙的新类型,4个群体间的遗传差异较大,群体间的基因流较低。在元江宜昌橙种群内存在遗传异质个体,但种群内的遗传多样性水平比长江流域宜昌橙群体的遗传多样性水平低,香橙群体的遗传多样性水平较高。大翼橙群体中的马来西亚大翼橙（C.macroptera Montrouz.）与宜昌橙遗传距离较远,而红河大翼橙（C.hongheensis Y. L. D. L.）与...
【文章来源】：中国南方果树. 2020,49(05)北大核心
【文章页数】：11 页
【部分图文】：
48份大翼橙种质基于SSR和InDel数据构建的UPGMA聚类树(1 000次bootstrap检验)
利用GenAlEx 6.501软件基于遗传距离进行主坐标分析的结果表明,元江宜昌橙(群体)和长江流域宜昌橙(群体)在第一主坐标轴上明显分开。香橙群体在第一主坐标轴上与长江流域宜昌橙群体不能分离,但与元江宜昌橙群体分离相当明显。在第二主坐标轴上日本香橙1号(21)、巴中香橙(24)、黔江3号香橙(27)、公孙桔(29)等香橙与长江流域宜昌橙群体的分离较明显。大翼橙中的红河大翼橙1号(31)、红河大翼橙杂种(33)在第一主坐标轴上和第二主坐标轴上均与长江流域宜昌橙群体和元江宜昌橙群体区分较明显;红河大翼橙4号(34)与元江宜昌橙群体的距离较近;马来西亚大翼橙(32)远离红河大翼橙和元江宜昌橙,而与香橙中的21、27和29距离较近。主坐标分析结果与遗传结构分析结果、聚类分析结果一致,也清楚表明长江流域宜昌橙与元江宜昌橙是两种不同类型的宜昌橙,元江宜昌橙群体内存在明显的遗传分化,如元江宜昌橙(有刺)15号(14)远离群体,而与红河大翼橙(31,33)更近,表明元江宜昌橙群体内个别单株的遗传异质性可能与相同地理分布的红河大翼橙的基因渗入有关。部分香橙资源(27,29,21,24)在第二主坐标轴上与长江流域宜昌橙分离较远,表明这些香橙资源在遗传组成上较为独特,其长江流域宜昌橙基因所占比例较小。多数香橙资源与元江宜昌橙的距离较大,再次表明元江宜昌橙与香橙群体的基因交流可能由于地理隔离而受到限制(见图6)。3 讨论
表3 被选21对引物用于48份大翼橙资源遗传多样性分析呈现的多态性 引物编号 扩增总条带数/条 基因多样性 期望杂合度He 多态信息含量(PIC) 引物编号 扩增总条带数/条 基因多样性 期望杂合度He 多态信息含量(PIC) SSR2 11 0.59 0.52 0.55 InDel 9 6 0.57 0.14 0.48 SSR3 9 0.66 0.35 0.60 InDel 10 5 1.11 0.97 0.98 SSR6 7 0.38 0.15 0.33 InDel 11 3 0.16 0.16 0.13 SSR7 8 0.38 0.15 0.33 InDel 12 12 0.31 0.32 0.26 SSR9 7 0.27 0.35 0.22 InDel 14 10 0.37 0.05 0.33 SSR10 5 0.34 0.16 0.32 InDel 16 9 0.29 0.07 0.26 InDel 1 1 0.14 0.04 0.15 InDel 18 8 0.58 0.66 0.51 InDel 2 4 0.34 0.16 0.32 InDel 19 8 0.16 0.05 0.15 InDel 5 10 0.35 0.14 0.32 InDel 20 4 0.36 0.22 0.31 InDel 6 6 0.33 0.05 0.30 InDel 21 10 0.65 0.54 0.61 InDel 8 15 0.56 0.20 0.50表4 4个大翼橙群体基于21个位点(SSR和InDel)的遗传多样性 群体名 多态位点百分率P/% 等位变异数Na 有效等位变异数Ne 香农指数I 观测杂合度Ho 期望杂合度He 无偏期望杂合度uHe 固定指数F 元江宜昌橙 76.92 2.308 1.585 0.469 0.299 0.275 0.283 0.261 香橙 73.08 2.538 1.882 0.607 0.343 0.360 0.376 0.117 长江流域宜昌橙 84.62 2.538 1.651 0.527 0.308 0.306 0.317 0.298 大翼橙 69.23 1.962 1.640 0.499 0.298 0.319 0.365 0.156
【参考文献】：
期刊论文
[1]云南元江县首次发现原始宜昌橙群落[J]. 陈洪明,江东,胡忠荣,李坤明,何永睿,陈善春,李中安,周常勇,李立会,郑殿升,刘旭. 植物遗传资源学报. 2012(06)
[2]柑橘溃疡病抗性相关的SSR标记筛选[J]. 彭祝春,龚桂芝,陈善春,张戈壁,洪棋斌. 园艺学报. 2010(03)
[3]应用cpSSR和EST-SSR标记进行柑橘特异种质资源遗传背景研究[J]. 王福生,江东. 园艺学报. 2010(03)
[4]利用SSR标记对中国柚类资源及近缘种遗传多样性研究[J]. 刘勇,刘德春,吴波,孙中海. 农业生物技术学报. 2006(01)
[5]小果宜昌橙—柑桔属宜昌橙的新变种[J]. 暴卓然,梁明清,丁素琴,张显努. 园艺学报. 1991(01)
本文编号：3496249
【文章来源】：中国南方果树. 2020,49(05)北大核心
【文章页数】：11 页
【部分图文】：
48份大翼橙种质基于SSR和InDel数据构建的UPGMA聚类树(1 000次bootstrap检验)
利用GenAlEx 6.501软件基于遗传距离进行主坐标分析的结果表明,元江宜昌橙(群体)和长江流域宜昌橙(群体)在第一主坐标轴上明显分开。香橙群体在第一主坐标轴上与长江流域宜昌橙群体不能分离,但与元江宜昌橙群体分离相当明显。在第二主坐标轴上日本香橙1号(21)、巴中香橙(24)、黔江3号香橙(27)、公孙桔(29)等香橙与长江流域宜昌橙群体的分离较明显。大翼橙中的红河大翼橙1号(31)、红河大翼橙杂种(33)在第一主坐标轴上和第二主坐标轴上均与长江流域宜昌橙群体和元江宜昌橙群体区分较明显;红河大翼橙4号(34)与元江宜昌橙群体的距离较近;马来西亚大翼橙(32)远离红河大翼橙和元江宜昌橙,而与香橙中的21、27和29距离较近。主坐标分析结果与遗传结构分析结果、聚类分析结果一致,也清楚表明长江流域宜昌橙与元江宜昌橙是两种不同类型的宜昌橙,元江宜昌橙群体内存在明显的遗传分化,如元江宜昌橙(有刺)15号(14)远离群体,而与红河大翼橙(31,33)更近,表明元江宜昌橙群体内个别单株的遗传异质性可能与相同地理分布的红河大翼橙的基因渗入有关。部分香橙资源(27,29,21,24)在第二主坐标轴上与长江流域宜昌橙分离较远,表明这些香橙资源在遗传组成上较为独特,其长江流域宜昌橙基因所占比例较小。多数香橙资源与元江宜昌橙的距离较大,再次表明元江宜昌橙与香橙群体的基因交流可能由于地理隔离而受到限制(见图6)。3 讨论
表3 被选21对引物用于48份大翼橙资源遗传多样性分析呈现的多态性 引物编号 扩增总条带数/条 基因多样性 期望杂合度He 多态信息含量(PIC) 引物编号 扩增总条带数/条 基因多样性 期望杂合度He 多态信息含量(PIC) SSR2 11 0.59 0.52 0.55 InDel 9 6 0.57 0.14 0.48 SSR3 9 0.66 0.35 0.60 InDel 10 5 1.11 0.97 0.98 SSR6 7 0.38 0.15 0.33 InDel 11 3 0.16 0.16 0.13 SSR7 8 0.38 0.15 0.33 InDel 12 12 0.31 0.32 0.26 SSR9 7 0.27 0.35 0.22 InDel 14 10 0.37 0.05 0.33 SSR10 5 0.34 0.16 0.32 InDel 16 9 0.29 0.07 0.26 InDel 1 1 0.14 0.04 0.15 InDel 18 8 0.58 0.66 0.51 InDel 2 4 0.34 0.16 0.32 InDel 19 8 0.16 0.05 0.15 InDel 5 10 0.35 0.14 0.32 InDel 20 4 0.36 0.22 0.31 InDel 6 6 0.33 0.05 0.30 InDel 21 10 0.65 0.54 0.61 InDel 8 15 0.56 0.20 0.50表4 4个大翼橙群体基于21个位点(SSR和InDel)的遗传多样性 群体名 多态位点百分率P/% 等位变异数Na 有效等位变异数Ne 香农指数I 观测杂合度Ho 期望杂合度He 无偏期望杂合度uHe 固定指数F 元江宜昌橙 76.92 2.308 1.585 0.469 0.299 0.275 0.283 0.261 香橙 73.08 2.538 1.882 0.607 0.343 0.360 0.376 0.117 长江流域宜昌橙 84.62 2.538 1.651 0.527 0.308 0.306 0.317 0.298 大翼橙 69.23 1.962 1.640 0.499 0.298 0.319 0.365 0.156
【参考文献】：
期刊论文
[1]云南元江县首次发现原始宜昌橙群落[J]. 陈洪明,江东,胡忠荣,李坤明,何永睿,陈善春,李中安,周常勇,李立会,郑殿升,刘旭. 植物遗传资源学报. 2012(06)
[2]柑橘溃疡病抗性相关的SSR标记筛选[J]. 彭祝春,龚桂芝,陈善春,张戈壁,洪棋斌. 园艺学报. 2010(03)
[3]应用cpSSR和EST-SSR标记进行柑橘特异种质资源遗传背景研究[J]. 王福生,江东. 园艺学报. 2010(03)
[4]利用SSR标记对中国柚类资源及近缘种遗传多样性研究[J]. 刘勇,刘德春,吴波,孙中海. 农业生物技术学报. 2006(01)
[5]小果宜昌橙—柑桔属宜昌橙的新变种[J]. 暴卓然,梁明清,丁素琴,张显努. 园艺学报. 1991(01)
本文编号：3496249
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