香蕉GRF基因家族的全基因组鉴定及表达分析

发布时间：2022-02-24 07:23

　　【目的】生长调控因子（Growth-regulating factors,GRF）是植物特有的一类转录因子,在植物生长发育和抗逆防御过程中发挥着重要作用。为揭示香蕉GFR基因等功能,对小果野蕉生长调控因子（MaGRF）基因家族进行全基因组鉴定和分析,并研究其在香蕉果实成熟和低温胁迫应答过程中的表达模式。【方法】使用生物信息学软件对MaGRFs家族成员进行全基因组鉴定和分析,基于转录组数据分析MaGRFs在自然成熟和乙烯催熟的香蕉果实成熟过程及4℃低温处理叶片中的表达情况。【结果】共鉴定获得可归为4个亚家族的20个MaGRF成员,其中15个成员被预测为miRNA396的靶基因。MaGRFs启动子上存在大量的植物激素、胁迫响应以及生长发育相关的顺式作用元件和9种转录因子家族的结合位点。转录组结果显示,MaGRF7在自然成熟的果实中高水平表达;MaGRF13在自然成熟和乙烯催熟的果实中均高表达;属于第Ⅰ和第Ⅱ亚家族的多个MaGRFs在果实成熟过程中差异表达显著;低温处理显著诱导MaGRF9、14、15、18和19的表达,显著抑制MaGRF2、6和13的表达。【结论】香蕉GRF家族成员较多,它... 

【文章来源】：果树学报. 2020,37(12)北大核心CSCD

【文章页数】：15 页

【文章目录】：
1 材料和方法
    1.1 Ma GRFs基因家族成员鉴定及蛋白理化特性分析
    1.2 Ma GRF家族成员系统进化树分析
    1.3 Ma GRF基因家族成员共线性及Ka/Ks值分析
    1.4 Ma GRFs基因结构和编码蛋白保守基序分析
    1.5 Ma GRFs启动子顺式作用元件和转录因子结合位点预测
    1.6 靶定Ma GRF的香蕉mi RNA预测
    1.7 Ma GRFs基因表达分析
2 结果与分析
    2.1 香蕉GRF家族成员鉴定及编码蛋白基本理化性质分析
    2.2 香蕉GRF家族系统进化树分析
    2.3 染色体定位和共线性分析
    2.4 Ma GRF基因结构分析
    2.5 香蕉GRF蛋白保守基序分析
    2.6 Ma GRF基因启动子顺式元件分析
    2.7 Ma GRF基因启动子区域转录因子结合位点分析
    2.8 Ma GRF家族成员被mi RNA靶标情况预测结果
    2.9 Ma GRF基因表达分析
3 讨论
    3.1 香蕉GRF成员数较多
    3.2 不同Ma GRF亚家族成员功能差异较大
    3.3 Ma GRFs的表达受到多种因素的调控
4 结论


【参考文献】：
期刊论文
[1]二穗短柄草GRFs基因家族的鉴定及表达模式分析[J]. 马超,宋鹏,尚申申,杨夏夏,杨金华,韩群威,李记民,冯雅岚.  核农学报. 2020(06)
[2]香蕉WAT1基因的鉴定及表达分析[J]. 刘嘉鹏,屈蒙蒙,孙雪丽,伍俊为,刘范,田娜,程春振.  果树学报. 2020(05)
[3]香蕉Aux/IAA基因家族的全基因组鉴定及表达分析[J]. 孙雪丽,刘范,田娜,项蕾蕾,郝向阳,王云,彭丽云,王天池,程春振,赖钟雄.  园艺学报. 2019(10)
[4]龙眼GRF家族全基因组鉴定及表达模式[J]. 刘蒲东,张舒婷,陈晓慧,苏立遥,姚德恒,李汉生,张梓浩,陈裕坤,林玉玲,赖钟雄.  应用与环境生物学报. 2020(02)
[5]藜麦GRF转录因子家族的鉴定及表达分析[J]. 时丕彪,何冰,费月跃,王军,王伟义,魏福友,吕远大,顾闽峰.  作物学报. 2019(12)
[6]茶树GRF基因家族的全基因组鉴定及表达分析[J]. 王鹏杰,郑玉成,林浥,周珍,杨江帆,叶乃兴.  西北植物学报. 2019(03)
[7]三明野生蕉抗寒特性的形态学与生理生化研究[J]. 李丹,黄玉吉,朱宁,刘范,田娜,徐涵,程春振,赖钟雄.  果树学报. 2019(01)
[8]毛竹GRF转录因子家族的全基因组鉴定与分析[J]. 何龙燕,刘武阳,娄永峰,肖复明.  植物科学学报. 2018(05)
[9]桃GRF基因家族的序列及其组织特异性表达分析[J]. 曹珂,薛灵姿,王蛟,方伟超,朱更瑞,陈昌文,王新卫,王力荣.  植物遗传资源学报. 2018(03)
[10]GRF转录因子对植物生长发育及胁迫响应调控的分子机制[J]. 马超,原佳乐,张苏,贾琦石,冯雅岚.  核农学报. 2017(11)



本文编号：3642252