基于大花四照花转录组的SSR分布特征分析及引物开发

发布时间：2022-12-04 05:24

　　大花四照花是极具开发价值的观赏性植物资源,合理开发和可持续利用其种质资源十分必要。本研究以第二代高通量测序的转录组测序数据为基础,通过MISA软件对大花四照花转录组的SSR位点进行筛选和分析。结果显示,共获得30 401个SSR位点,SSR的分布频率为22.90%,平均每2.88 kb出现一个SSR位点;大花四照花SSR位点的重复类型以单核苷酸重复和二核苷酸重复为主,各占所有位点的45.73%和37.98%;重复基序类型较为丰富,共有196种,其中单核苷酸A/T重复类型的数量最多。SSR的重复次数主要以5～30次为主,长度分布在10～87 bp之间,平均长度为17.39 bp。随机选取48对设计的SSR引物进行PCR检测,共有35对引物能扩增出单一、清晰的条带,有效扩增率为72.92%。大花四照花转录组中SSR位点的数量和种类比较丰富,分布密度较大,初步开发的SSR引物扩增率较好,具有潜在的多态性,可为后期的种质资源开发与保护、遗传连锁图谱的构建及分子标记辅助育种等提供基础。 

【文章页数】：7 页

【文章目录】：
1 结果与分析
    1.1 大花四照花转录组测序与组装
    1.2 大花四照花转录组中SSR位点分布特征分析
        1.2.1 大花四照花转录组SSR位点基本分布特征
        1.2.2 大花四照花转录组中SSR重复类型
        1.2.3 大花四照花转录组SSR重复基序类型
        1.2.4 大花四照花SSR重复次数及长度分布
    1.3 大花四照花SSR引物设计与检测
2 讨论
3 材料与方法
    3.1 试验材料
    3.2 转录组测序
    3.3 SSR位点的筛选
作者贡献


【参考文献】：
期刊论文
[1]云南金花茶转录组SSR的分布及其序列特征[J]. 叶鹏,李显煌,唐军荣,李斌,张贵良,刘成,雷瀚,辛培尧.  中南林业科技大学学报. 2019(09)
[2]海南粗榧转录组SSR特征分析[J]. 王荣香,徐子健,于平,孙化鹏,乔飞.  分子植物育种. 2019(06)
[3]珍贵树种火力楠转录组SSR特征分析[J]. 李清莹,仲崇禄,姜清彬,张勇,陈羽,魏永成,陈珍.  基因组学与应用生物学. 2019(04)
[4]极度濒危植物巧家五针松基因组微卫星特征分析[J]. 阮桢媛,王兵益,欧阳志勤,廖礼彬,苏腾伟,乔璐.  植物研究. 2016(05)
[5]刺梨转录组SSR信息分析及其分子标记开发[J]. 鄢秀芹,鲁敏,安华明.  园艺学报. 2015(02)
[6]南方红豆杉转录组SSR挖掘及分子标记的研究[J]. 李炎林,杨星星,张家银,黄三文,熊兴耀.  园艺学报. 2014(04)
[7]SSR标记遗传距离与辣椒杂种优势的关系[J]. 何建文,姜虹,杨红,苏丹,刘永翔.  西南农业学报. 2013(03)
[8]基于杜仲转录组序列的SSR分子标记的开发[J]. 黄海燕,杜红岩,乌云塔娜,刘攀峰.  林业科学. 2013(05)
[9]云南山茱萸科植物资源及其在园林中的应用[J]. 师晓慧,邓莉兰.  黑龙江农业科学. 2013(03)
[10]贵州野生四照花属植物资源及利用价值研究[J]. 杨春华,王港,侯娜,周家维,陈骏.  种子. 2013(02)



本文编号：3707677