基于SLAF-seq技术构建栽培草莓高密度遗传图谱

发布时间：2022-12-09 21:20

　　为大量开发SNP用于构建栽培草莓高质量的遗传图谱,以国产草莓品种红星为母本,日本草莓品种红颜为父本构建F₁群体,采用SLAF-seq技术和HighMap软件,对2个亲本和200个F₁子代群体进行高通量测序、SNP标记的开发及高密度遗传图谱的构建。通过高通量测序,共获得565 919 066 reads,平均质量Q30为95.36%,平均GC含量为39.68%,样本GC分布正常。通过生物信息学分析,共获得717 881个SLAF标签,2 136 939个SNP标记,其中有56 237个SNP为高质量标记可用于遗传图谱标记的定位和构建。共构建了28个连锁群,总图距为4 022.16 cM,该图SNP标记14 412个,完整度为99.84%,标记间的平均距离为0.28 cM。通过对遗传图谱单体来源进行评估,结果表明每个个体中较大区段均来源于亲本;通过连锁关系热图对相邻标记间的连锁关系进行分析,结果表明,每个连锁群上的大部分标记顺序与基因组保持一致,标记顺序正确,图谱质量高。这是栽培草莓中首次采用SLAF-seq技术构建的高密度SNP遗传图谱,为栽培... 

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【文章目录】：
1 材料和方法
    1.1 试验材料
    1.2 试验方法
        1.2.1 酶切方案设计及测序
        1.2.2 SNP开发及编码
        1.2.3 图谱构建
2 结果与分析
    2.1 SLAF文库建立及高通量测序
        2.1.1 SLAF文库建立
        2.1.2 测序质量值验证
        2.1.3 碱基分布检查
        2.1.4 测序数据统计与评估
    2.2 标记开发
    2.3 遗传图谱构建及评估
        2.3.1 遗传图谱构建
        2.3.2 遗传图谱评估
            2.3.2.1 单体来源评估
            2.3.2.2 标记连锁评估
3 结论与讨论


【参考文献】：
期刊论文
[1]苹果SLAF图谱构建及果锈基因QTL分析[J]. 张朝红,陈东玫,杨凤秋,赵同生,李扬,赵国栋,赵永波.  华北农学报. 2019(05)
[2]草莓育种新动态及发展趋势[J]. 赵密珍,王静,袁华招,王庆莲,关玲.  植物遗传资源学报. 2019(02)
[3]基于SLAF-seq技术构建亚麻高密度遗传图谱[J]. 高凤云,斯钦巴特尔,张辉,贾霄云,伊六喜,周宇,李强,叶应福,侯建华.  中国油料作物学报. 2017(03)



本文编号：3715392