苹果属植物种质多样性的SLAF-seq分析

发布时间：2022-12-10 05:16

　　利用简化基因组测序技术—特异性位点扩增片段测序技术（Specific-locus amplified fragment sequencing,SLAF-seq）对509份苹果属植物种质进行测序,获得586 454个SLAF标签,其中多态性SLAF标签463 612个;经过序列比对,根据完整度＞ 0.94、次要等位基因频率（MAF）＞ 0.05,过滤筛选得到46460个多态性单核苷酸（SNP）位点;基于这些SNP位点构建苹果属植物不同种的系统发生树并分析主成分。结果表明,通过SLAF-seq技术能够在全基因组范围内快速开发高通量的SNP标记,并直接用于苹果属植物种质资源遗传多样性研究中。34种509份苹果属植物的多样性水平较高（H_e=0.318,I=0.488,A_e=1.520）,在多于1份试材的种群中,变叶海棠的遗传多样性水平最高,中国苹果的遗传多样性水平最低。综合聚类分析和主成分分析结果表明,供试苹果属植物分为5个基本的类群,Ⅰ山荆子类群,Ⅱ苹果属植物野生种类群,Ⅲ苹果栽培品种类群,Ⅳ以中国苹果、八棱海棠、花红、楸子和海棠花为主的类群,Ⅴ新... 

【文章页数】：14 页

【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 材料
    1.2 DNA的提取
    1.3 酶切建库
    1.4 测序及数据开发
    1.5 数据统计与分析
2 结果与分析
    2.1 建库与测序质量评估
    2.2 SLAF标签与多态性SNP标记筛选
    2.3 苹果属植物的多样性
    2.3 苹果属植物系统发育分析
    2.4 基于SNP标记的苹果属不同种主成分分析
3 讨论


【参考文献】：
期刊论文
[1]中国山荆子和楸子种质资源遗传多样性和遗传结构的荧光SSR分析[J]. 高源,王昆,王大江,刘立军,李连文,朴继成.  园艺学报. 2019(07)
[2]基于SLAF-seq技术的葡萄种质遗传多样性分析[J]. 李贝贝,张恒,姜建福,张颖,樊秀彩,房经贵,刘崇怀.  园艺学报. 2019(11)
[3]基于SLAF-seq技术分析甜、糯玉米种质遗传多样性[J]. 李余良,索海翠,韩福光,刘建华,胡建广,高磊,李武.  玉米科学. 2019(04)
[4]我国苹果属资源现代分布调查初报[J]. 王大江,王昆,高源,赵继荣,刘立军,龚欣,李连文.  植物遗传资源学报. 2017(06)
[5]中国野生山定子的自然分布及利用研究现状[J]. 杜学梅,杨廷桢,高敬东,王骞,蔡华成,李春燕,弓桂花.  中国农学通报. 2017(05)
[6]世界苹果属植物的起源演化研究新进展[J]. 李育农.  果树科学. 1999(S1)

博士论文
[1]变叶海棠起源及其遗传多样性分化研究[D]. 石胜友.西南大学 2005



本文编号：3716134