基于非洲菊转录组测序的SSR位点信息分析

发布时间：2023-04-07 01:40

　　为深入开发非洲菊SSR分子标记,进而推动非洲菊遗传多样性研究,以云南红非洲菊的转录组序列为基础,对SSR位点进行挖掘。结果表明:通过MISA软件从60 563条unigenes检测出14 928个SSR位点,分布于11 932条unigenes中,出现频率为24.65%,平均分布距离为3.43kb。优势重复基序为单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸,分别占总SSR位点的63.44%、21.54%和14.06%。14 928个SSR位点由73种重复基序构成,(A/T)、(AG/CT、AC/GT)、(AAT/ATT、AAG/CTT)分别是单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸优势重复基元,分别占总SSR重复类型的62.31%、18.13%和6.93%。利用Primer 3.0对SSR序列设计引物9 535对,成功率为63.87%。非洲菊转录组SSR位点丰富,分布密度大,具有较高的多态性潜能,可作为开发SSR标记的有效来源,为非洲菊遗传多样性研究,分子标记辅助育种、遗传图谱构建以及功能基因挖掘等提供科学依据。

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【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 转录组数据来源
    1.2 数据分析及SSR引物设计
2 结果与分析
    2.1 非洲菊转录组中SSR位点的数量与分布
    2.2 转录组SSR基序重复类型和频率特征
    2.3 非洲菊转录组中SSR基序长度及引物设计
3 讨论与结论



本文编号：3784831