Affymetrix基因芯片原始数据噪声分析与应用

发布时间：2018-01-01 14:06

  本文关键词：Affymetrix基因芯片原始数据噪声分析与应用　出处：《中国生物医学工程学报》2011年03期 　论文类型：期刊论文

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【摘要】：基于杂交原理的生物芯片技术由于实验中非特异性杂交的存在,导致实验数据包含较高的噪声。针对目前广泛使用的Affymetrix GeneChip屮基因芯片,通过对原始数据进行分析研究,得到探针中间3个核苷酸序列和MM探针与PM探针灰度比值的对应关系;将该对应关系嵌入到基因表达水平的计算中,以改进原有的一个先进的计算基因表达水平的概率模型mmgMOS。通过在标准的spike-in数据集和一个真实的老鼠胚胎数据集上的测试,证明改进的模型有效地提高了基因表达水平计算的精度,同时显著地提高了计算效率,在一定程度上降低了非特异性杂交引起的噪声影响。
[Abstract]:Biochip technology based on hybridization principle is due to the existence of non-specific hybridization in experiments. As a result, the experimental data contain high noise. Based on the widely used Affymetrix GeneChip gene chip, the original data are analyzed and studied. The three nucleotide sequences in the middle of the probe and the gray ratio of MM probe to PM probe were obtained. The corresponding relation is embedded in the calculation of gene expression level. To improve an advanced probability model for calculating gene expression levels, mmgMOS. was tested on standard spike-in data sets and a real mouse embryo data set. It is proved that the improved model can effectively improve the accuracy of gene expression level calculation, at the same time significantly improve the computational efficiency and reduce the noise effect caused by non-specific hybridization to a certain extent.
【作者单位】： 南京航空航天大学计算机科学与技术学院;淮阴工学院计算机工程学院;
【基金】：国家自然科学基金(60703016) 教育部高校博士点基金(20070287051) 教育部留学回国科研启动基金 南京航空航天大学基本科研业务费专项(NS2010104)
【分类号】：O422.8
【正文快照】： 引言随着人类基因组计划的完成,使人类及其他多种生物的核苷酸构成得以测序。科学家们研究的重点转为分析这些基因的功能以及基因之间的相互关系,希望通过认识基因互相作用的机理来揭示生命的奥秘,进而延长人类的寿命,提高人类的生活质量。为了研究基因之间复杂的调控关系,近1

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本文编号：1364816