无规生物大分子与配体耦合的折叠机制
本文关键词：无规生物大分子与配体耦合的折叠机制 出处：《上海交通大学》2011年硕士论文 论文类型：学位论文
更多相关文章： 无规结构 耦合 诱导契合 构象选择 分子动力学模拟
【摘要】：天然无规蛋白质在天然状态下不具有确定的三维结构，以松散无规则的结构存在，却仍具有正常的生物活性。经预测，真核生物中约有27%-41%的蛋白是天然无规的，现有详细信息的天然无规蛋白有643个。很多无规蛋白质在结合配体后会进行有序折叠，形成稳定的结构，并发挥特定的生物学功能。目前，关于这种与配体耦合的蛋白质折叠机制有两种模型假说，即诱导契合和构象选择机制。在本研究中，我们用溶剂下的全原子分子动力学模拟分别对三个不同体系进行模拟，，来探究无规生物大分子与配体耦合的折叠机制。我们首先模拟了无规蛋白TIS11dTZF在mRNA耦合条件下，以及无规蛋白Brinker在DNA耦合条件下的折叠过程，进而将实验对象由无规蛋白扩展到天然无规的核酸，模拟了无规snRNA在蛋白U1A耦合条件下的折叠过程。我们的模拟结果与实验中观察到的现象呈现很好的一致性。通过分析模拟结果，我们发现三个复合体系的折叠路径与无规生物大分子相比都发生了显著改变，并对三个体系的分子折叠机制进行了分析和探讨。
[Abstract]:Natural random protein has a three-dimensional structure determined under natural state, with loose structure without rules, but still have normal biological activity. The prediction of eukaryotic protein is about 27%-41% of the natural random, with existing information natural random protein has 643 many random. Protein orderly folded in ligand binding, the formation of a stable structure, and play specific biological functions. At present, the mechanism of protein folding and ligand coupling on this two kinds of model hypothesis, namely induced fit and conformation selection mechanism. In this study, we use the all atom molecular dynamics simulation of solvent three different systems are simulated to explore the folding mechanism ofdisordered biological macromolecular coupled with ligands. We first simulated random protein TIS11dTZF in mRNA coupling condition, and random protein Brinker in D The folding process of NA under the condition of the coupling, and the experimental object by random nucleic acid protein extended to natural random simulation, the snRNA protein folding process in U1A coupling conditions. Our simulation results and experimental phenomena observed in showing good agreement. Through the analysis of the simulation results, we found that the folding path of three composite system compared with the random biological macromolecules have undergone significant changes, and the three molecule folding mechanism was analyzed and discussed.
【学位授予单位】：上海交通大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2011
【分类号】：R346
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