分子动力学研究抗体SPE7与抗原Alizarin red的相互作用机制

发布时间：2018-04-24 02:03

  本文选题：分子动力学 + 抗体　； 参考：《四川大学学报(自然科学版)》2017年02期

【摘要】：研究抗原与抗体的相互作用机制在治疗与抗体相关疾病药物的研发中起到重要作用.采用分子动力学模拟和MM-PBSA(molecular mechanics-Poisson Boltzmann surface area)以及溶解相互作用能SIE(solvated interaction energy)方法研究了抗原Alizarin red(AZN)与抗体SPE7的结合模式.研究结果证明范德华作用主导了抗原AZN与抗体SPE7的相互作用.基于残基能量分解的计算表明抗原AZN能与残基H-W35、H-Y105、L-Y34和L-W93产生较强的相互作用,此结果表明AZN与SPE7分离残基间的π-π相互作用驱动了AZN与SPE7的结合.期望这个研究能为治疗与抗体相关疾病药物的研发提供重要的理论指导.
[Abstract]:Studying the mechanism of antigen-antibody interaction plays an important role in the research and development of antibody-related diseases. Molecular dynamics simulation, MM-PBSA(molecular mechanics-Poisson Boltzmann surface area) and dissolution interaction energy SIE(solvated interaction energy were used to study the binding model of antigenic Alizarin redder AZN with antibody SPE7. The results show that van der Waals interaction dominates the interaction between antigen AZN and antibody SPE7. The calculation based on the energy decomposition of the residue indicates that the antigenic AZN can interact strongly with the residues H-W35H-Y105 L-Y34 and L-W93. The results show that the 蟺-蟺 interaction between AZN and the separated residues of SPE7 drives the binding of AZN and SPE7. It is expected that this study will provide important theoretical guidance for the development of antibody-related disease drugs.
【作者单位】： 山东交通学院理学院;山东师范大学物理与电子科学学院;
【基金】：国家自然科学基金(11504206,11274206) 山东省高等学校科技计划项目(J14LJ07)
【分类号】：R392

【参考文献】

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