贵州省安顺地区蛇源裂头蚴分离株的分子鉴定及种系发育关系分析

发布时间：2018-07-07 22:41

  本文选题：裂头蚴 + 第一内转录间隔区　； 参考：《中国人兽共患病学报》2016年04期

【摘要】：目的对贵州省安顺地区蛇源裂头蚴分离株进行分子鉴定及种系发育关系的分析。方法采集贵州安顺地区4种常见野生蛇(王锦蛇、乌梢蛇、黑眉锦蛇、灰鼠蛇)来源的裂头蚴,分别提取各裂头蚴基因组DNA,PCR扩增ITS1和cox1基因,所得PCR扩增产物经纯化并T-A克隆后测序。运用ClustalX1.81生物分析软件,将所得序列与GenBank所录迭宫属绦虫和其它属绦虫基因序列进行多重序列比对分析,并应用软件MEGA 6.0构建系统发育树(邻位连接法)。结果成功扩增出8株裂头蚴的ITS1和cox1基因序列,ITS1大小为822~863bp,cox1大小为404~415bp,与预期的基因片段大小一致。基于ITS1和cox1基因序列构建的种系发育树与所有的猬迭宫绦虫均构成同一亚群,总分支的自展值高于50%,二者在不同的分离株之间呈现基因多态性。对8株裂头蚴ITS1和cox1序列的同源性进行比较,ITS1的同源性为70.27%~82.84%,而cox1的同源性为95.63%~99.50%,显示cox1的同源性高于ITS1。已向GenBank提交ITS1和cox1新序列各一条,登录号分别为KF990161和KJ418421。结论贵州安顺地区不同蛇源裂头蚴分离株之间存在基因多态性。从总分支的自展值来看,cox1比ITS1更适合用于种内遗传多态性研究,ITS1适合做定种的分子标记。
[Abstract]:Objective to study the molecular identification and phylogenetic relationship of serpent mitomycaria isolates in Anshun area of Guizhou Province. Methods four common wild species of wild snakes (Anshun, Guizhou, China) were collected and the ITS1 and cox1 genes were amplified by genomic DNA-polymerase chain reaction (DNA-PCR). The PCR products were purified and sequenced after T-A cloning. Using ClustalX1.81 biological analysis software, the sequence was compared with GenBank gene sequence of Taenia and other genus tapeworm, and the phylogenetic tree was constructed by using MEGA6.0. Results the ITS1 and cox1 gene sequences of 8 strains of mitomycaria were successfully amplified. The size of ITS1 was 822 ~ 863 BP / cox1 = 404 ~ 415bp1, which was consistent with the expected size of the gene fragment. The phylogenetic tree constructed on the basis of ITS1 and cox1 gene sequences formed the same subgroup with all the Hymenia hedgehoensis, and the total branch self-development value was higher than 50. The genetic polymorphisms were observed between the two isolates. The homology of ITS1 and cox1 sequences of 8 strains of mitomycaria was compared. The homology of ITS1 was 70.27 and that of cox1 was 82.84, while the homology of cox1 was 95.633,99.50, which indicated that the homology of cox1 was higher than that of ITS1. A new ITS1 sequence and a new cox1 sequence were submitted to GenBank with the login numbers KF990161 and KJ418421 respectively. Conclusion there are gene polymorphisms among different serpentine isolates in Anshun, Guizhou. From the self-expansion value of the total branch, it is more suitable to use cox1 than ITS1 in the study of intraspecific genetic polymorphism.
【作者单位】： 贵州医科大学人体寄生虫学教研室;
【基金】：贵州省科技厅社会发展攻关项目资助[No.(2014)3024号]~~
【分类号】：R383

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