MicroRNA表达谱和计算机分析人类子宫内膜着床窗期基因表达

发布时间：2019-01-05 01:29

【摘要】：目的:检测人类子宫内膜着床窗口期miRNA表达谱,建立miRNA参与调控胚胎着床的生物信息网络。 方法:双通道微阵列技术检测人类子宫内膜着床窗口期miRNA表达谱,应用MMIA在线服务器进行靶mRNA基因预测,用Cytoscape软件构建由miRNAs和mRNAs组成的生物信息网络,通过MAS在线服务器对生物信息网络中差异表达mRNAs基因进行功能分类,预测miRNA参与调控胚胎着床的关键分子通路。 结果:1.着床窗口期有72个miRNAs差异表达,其中50个显著上调,22个显著下调(fold change =2, q value 0.01);2.除去23种miRNAs未能预测到靶基因外,余下49种miRNAs预测到6106种拥有唯一官方基因符号的靶mRNAs基因。对于每个差异表达的miRNA来说,预测mRNAs靶基因的数量存在较大差异;3.筛选出着床窗口期差异表达的miRNAs和差异表达的预测靶mRNAs基因(fold change =2.5, p value 0.01),满足上述条件的共有218个基因构成生物信息网络,其中39个miRNAs上调,6个miRNAs下调,114个mRNAs上调,59个mRNAs下调。 结论:微阵列技术和计算机方法能有效分析着床窗期基因表达,为研究调控胚胎着床的分子机制提供了重要参考。
[Abstract]:Aim: to detect the miRNA expression profile of human endometrial implantation window and to establish a biological information network of miRNA involved in the regulation of embryo implantation. Methods: double channel microarray technique was used to detect miRNA expression profile of human endometrium during implantation window, MMIA online server was used to predict target mRNA gene, and Cytoscape software was used to construct a biological information network composed of miRNAs and mRNAs. The functional classification of differentially expressed mRNAs gene in biological information network was carried out by MAS online server, and the key molecular pathway of miRNA involved in regulating embryo implantation was predicted. Results: 1. There were 72 miRNAs differentially expressed in the window, 50 of which were up-regulated, 22 were significantly down-regulated (fold change = 2, Q value 0.01). With the exception of 23 miRNAs which failed to predict target genes, the remaining 49 miRNAs predicted 6106 target mRNAs genes with unique official gene symbols. For each differentially expressed miRNA, there were significant differences in the number of mRNAs target genes. The differentially expressed miRNAs and the predicted target mRNAs gene (fold change = 2.5, p value 0.01) were screened. A total of 218 genes satisfying the above conditions constituted a biological information network, in which 39 miRNAs were up-regulated and 6 miRNAs down-regulated. 114 mRNAs were up-regulated and 59 mRNAs down-regulated. Conclusion: microarray technique and computer method can effectively analyze gene expression in implantation window and provide important reference for studying molecular mechanism of embryo implantation.
【学位授予单位】：华中科技大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2011
【分类号】：R321

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本文编号：2401075