日本血吸虫虫卵分泌物小RNA的高通量测序

发布时间：2020-12-25 03:25

　　目的通过对日本血吸虫虫卵分泌物（egg secreted products,ESP）的小RNA进行高通量测序,分析、鉴定已知miRNA的表达水平。方法提取日本血吸虫虫卵ESP miRNA进行高通量测序;通过对数据分析包括统计长度分布与比对注释,鉴定已知miRNA的表达水平。结果将构建文库中日本血吸虫虫卵ESP表达的miRNA与最新miRBase数据库中的miRNA比对,发现在鉴定的12个miRNAs中,sja-miR-3488为表达量最高的miRNA,其次为sja-miR-36-3p和sja-miR-71a,上述三种miRNA表达量占比91.8%。结论日本血吸虫虫卵ESP三个miRNAs（sja-miR-3488、sja-miR-36-3p和sja-miR-71a）的鉴定为下一步探寻血吸虫病诊疗新靶标奠定了基础。 

【文章来源】：热带病与寄生虫学. 2019年04期

【文章页数】：4 页

【部分图文】：

总RNA提取质量分析

本研究利用IlluminaNextSeq 500测序平台对血吸虫ESP进行测序分析获得原始阅读序列读数(Raw Reads)为23 348 390条。应用fastx(fastx_toolkit-0.0.13.2)对日本血吸虫虫卵ESP测序,原始序列数(reads)进行预处理,去除接头序列以及低质量序列(包括模糊碱基N,碱基质量小于20以及长度小于18 nt的序列),最终获得ESP过滤后的序列读数为13 190 761条。去掉重复序列前ESP序列长度分布统计在30 nt处出现最高峰;去重后ESP序列长度分布统计主要分布在26～30 nt处(见图2)。三、比对注释及miRNA表达

【参考文献】：
期刊论文
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[3]我国血吸虫病传染源快速检测技术的需求与发展[J]. 汪世平,何鑫,周云飞.  中国寄生虫学与寄生虫病杂志. 2015(06)
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本文编号：2936864