差异转录组的生物信息学研究体系在小鼠和人类转录组研究中的应用

发布时间：2020-12-29 08:14

　　转录组是某个物种或特定细胞在某一功能状态下产生的所有RNA的总和,对于不同样本中转录组差异的研究不仅可以了解特定时间和空间条件下疾病的发生发展状态,同时也能够作为发现疾病诊断和预后的标志物的重要研究手段。对于芯片或者高通量测序产生的海量转录组数据,如何解读其中蕴含的生命规律和特征,生物信息学方法显得尤为重要。差异转录组的分析大致可以分为以下几个方面：（1）表达差异；（2）lncRNA-靶基因；（3）表观修饰调控；（4）顺反调控等生物信息学分析过程及后续的一些实验验证。我们首先建立了差异转录组的生物信息学研究体系,利用RNA-seq对镉中毒后小鼠睾丸转录组进行研究,通过利用该体系对获得的原始数据的分析,成功的研究了镉中毒后小鼠睾丸转录组的变化和调控机制,并筛选到一些潜在的生物标志物。随后,将该体系用于我们实验室得到的人心脏组织的RNA-seq数据,并整合公共数据库中的转录组和表观基因组高通量数据,我们成功研究了人类心脏发育过程中的动态变化规律。第一部分差异转录组生物信息学研究体系的建立转录组的研究能够深刻的理解基因组的功能,并且了解某种细胞或组织的分子组成,最终为发育和疾病的研究提供重要... 

【文章来源】：武汉大学湖北省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校

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【学位级别】：博士

【部分图文】：

体重、血清和睾丸锡含量及血清睾爾含量

Number of Mapped Reads per Chromosome图3.2比对上的reads在小鼠全基因组中的分布。Figure 3.2 Number of aligned reads distributions across mouse genome.dull >1

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【参考文献】：
期刊论文
[1]Systematic study of human long intergenic non-coding RNAs and their impact on cancer[J]. SUN Liang,LUO HaiTao,LIAO Qi,BU DeChao,ZHAO GuoGuang,LIU ChangNing,LIU YuanNing,ZHAO Yi.  Science China(Life Sciences). 2013(04)



本文编号：2945325