基于组学数据挖掘的微生物检测、基因组注释及与宿主相互作用的研究

发布时间：2020-12-30 16:51

　　在病原微生物持续危害公众健康与生命的今天,及时有效的检测将显著提高人类监控应对此类风险的能力。当前,微生物检测仍以PCR技术为基础,因此敏感而又特异的PCR引物,将是检测成功与否的关键。本论文基于公共数据库中广泛存在的核酸序列片段,针对常见的呼吸系统传染性病毒,成功设计了一套新的引物设计流程,使得这些引物一方面在病毒或其亚型内部保守,同时又不与其他相近病毒或亚型的基因组序列相似,保证了其特异性地扩增目标产物的能力,实现有效检测病毒病原体的目的。在明确目标病原微生物后,研究其基因组功能,了解传染致病的分子机制,则有助于人们预防并治疗病原微生物所引起的各种疾病。故而,发展准确的基因组注释计算方法,就显得很有必要。鉴于传统的序列同源比对方法无法推断出序列同源性较差的基因的功能,同时数据库中许多基因的功能也仍然未知,本论文通过整合基因之间的相互作用网络关系数据,并在相互关联的基因之间可能具有相似或相同的功能的假设下,开发出了一套新的基因功能预测方法。该方法在细菌蛋白质组有害因子的鉴定中,预测准确度高达90%,远远超过了传统的序列同源比对BLAST方法(<80%),而且也优于国际上基于序列... 

【文章来源】：华中科技大学湖北省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校

【文章页数】：146 页

【学位级别】：博士

【文章目录】：
摘要
Abstract
1 绪论
    1.1 微生物及其与人类的关系
    1.2 微生物的检测方法
    1.3 微生物基因组功能注释的研究方法
    1.4 微生物与宿主蛋白质相互作用的研究方法
    1.5 本论文拟解决的问题与主要内容
2 病毒检测之引物设计方法探究
    2.1 研究背景
    2.2 材料与方法
    2.3 结果与讨论
    2.4 结论
3 微生物有害因子鉴定方法探究
    3.1 研究背景
    3.2 材料与方法
    3.3 结果与讨论
    3.4 结论
4 高通量测序微生物比较基因组分析方法探究
    4.1 研究背景
    4.2 材料与方法
    4.3 结果与讨论
    4.4 结论
5 病毒宿主蛋白质结构域相互作用网络研究方法探究
    5.1 研究背景
    5.2 材料与方法
    5.3 结果与讨论
    5.4 结论
6 总结与展望
致谢
参考文献
附录1 攻读博士学位期间发表的主要论文


【参考文献】：
期刊论文
[1]KaKsCalculator 2.0:A Toolkit Incorporating Gamma-Series Methods and Sliding Window Strategies[J]. Dapeng Wang1,3,Yubin Zhang1,2,3,Zhang Zhang4,Jiang Zhu1,3,and Jun Yu1,2 1CAS Key Laboratory of Genome Sciences and Information,Beijing Institute of Genomics,Chinese Academy of Sciences,Beijing 100029,China;2Institute of Computing Technology,Chinese Academy of Sciences,Beijing 100190,China;3Graduate University of Chinese Academy of Sciences,Beijing 100049,China;4Plant Stress Genomics Research Center,Division of Chemical and Life Sciences & Engineering,King Abdullah University of Science and Technology,Thuwal 23955-6900,Saudi Arabia..  Genomics Proteomics & Bioinformatics. 2010(01)
[2]VICMpred: An SVM-based Method for the Prediction of Functional Proteins of Gram-negative Bacteria Using Amino Acid Patterns and Composition[J]. Sudipto Saha,G.P.S. Raghava.  Genomics Proteomics & Bioinformatics. 2006(01)



本文编号：2947975