鼠疫耶尔森菌CAF-1基因的生物信息学分析及抗原表位预测

发布时间：2021-01-12 00:48

　　目的探讨鼠疫耶尔森菌CAF-1基因的组成结构及生物学功能。方法运用ProtScale,TMHMM Server,Signal P 3.0 Server,NetPhos3.0 Server,SOPMA,Swiss-mode和DNAStar等生物信息学软件分析鼠疫耶尔森菌CAF-1基因的氨基酸序列组成、理化性质、亲疏水性、信号肽、磷酸化位点、糖基化位点、二、三级结构和B、T细胞抗原表位等。结果 CAF-1是由170个氨基酸构成的富含苏氨酸的稳定亲水蛋白,相对分子质量为17.7×10³,理论等电点为4.83,不含跨膜区且磷酸化程度较高。二级结构中β转角和无规则卷曲为主要结构原件,分别占41.18%和32.35%。同源建模显示,GMQE和QMEAN评估分值分别为0.90和0.76。抗原表位预测显示,该蛋白含有多个B细胞优势抗原表位和7个优势CTL表位。结论生物信息学预测CAF-1基因编码蛋白为稳定分泌蛋白和外膜蛋白,含有较多的B、T细胞抗原表位,具有较好的抗原性,可作为新型疫苗的潜在候选基因。 

【文章来源】：中国病原生物学杂志. 2019,14(10)北大核心

【文章页数】：6 页

【部分图文】：

图１ＣＡＦ－１蛋白亲／疏水性预测

第一个氨基酸，Ｓ－Ｓｏｃｒｅ用来区分该位置是否存在信号肽，Ｙ－Ｓｏｃｒｅ为Ｃ－Ｓｏｃｒｅ和Ｓ－Ｓｏｃｒｅ的几何平均数。运用ＳｅｃｒｅｔｏｍｅＰ软件预测该蛋白非典型分泌性，ＮＮ－Ｓｃｏｒｅ为０．９５（ＮＮ－Ｓｃｏｒｅ﹥０．５判定为非典型分泌蛋白），即属于分泌蛋白。图１ＣＡＦ－１蛋白亲／疏水性预测Ｆｉｇ．１ＨｙｄｒｏｐｈｏｂｉｃｉｔｙｏｆＣＡＦ－１ｐｒｏｔｅｉｎ图２ＣＡＦ－１蛋白跨膜Ｈｅｌｉｘ预测Ｆｉｇ．２ＰｒｅｄｉｃｔｉｏｎｏｆｔｈｅｔｒａｎｓｍｅｍｂｒａｎｅＨｅｌｉｘｏｆＣＡＦ－１ｐｒｏｔｅｉｎ图３ＣＡＦ－１蛋白跨膜区预测Ｆｉｇ．３ＰｒｅｄｉｃｔｉｏｎｏｆｔｈｅｔｒａｎｓｍｅｍｂｒａｎｅｏｆＣＡＦ－１ｐｒｏｔｅｉｎ５ＣＡＦ－１的磷酸化及糖基化位点利用ＮｅｔＮＧｌｙｃ１．０和ＮｅｔＰｈｏｓ３．１分析ＣＡＦ－１的糖基化和磷酸化位点，结果显示，当潜在磷酸化位点的阈值为０．５时，该蛋白含有１个糖基化位点（图５），含有２６个磷酸化位点，其中１１个丝氨酸位点，１３个苏氨酸位点，２个酪氨酸位点（图６）。·３４１１·中国病原生物学杂志ＪｏｕｒｎａｌｏｆＰａｔｈｏｇｅｎＢｉｏｌｏｇｙ２０１９年１０月第１４卷第１０期Ｏｃｔ．２０１９，Ｖｏｌ．１４，Ｎｏ．１０

第一个氨基酸，Ｓ－Ｓｏｃｒｅ用来区分该位置是否存在信号肽，Ｙ－Ｓｏｃｒｅ为Ｃ－Ｓｏｃｒｅ和Ｓ－Ｓｏｃｒｅ的几何平均数。运用ＳｅｃｒｅｔｏｍｅＰ软件预测该蛋白非典型分泌性，ＮＮ－Ｓｃｏｒｅ为０．９５（ＮＮ－Ｓｃｏｒｅ﹥０．５判定为非典型分泌蛋白），即属于分泌蛋白。图１ＣＡＦ－１蛋白亲／疏水性预测Ｆｉｇ．１ＨｙｄｒｏｐｈｏｂｉｃｉｔｙｏｆＣＡＦ－１ｐｒｏｔｅｉｎ图２ＣＡＦ－１蛋白跨膜Ｈｅｌｉｘ预测Ｆｉｇ．２ＰｒｅｄｉｃｔｉｏｎｏｆｔｈｅｔｒａｎｓｍｅｍｂｒａｎｅＨｅｌｉｘｏｆＣＡＦ－１ｐｒｏｔｅｉｎ图３ＣＡＦ－１蛋白跨膜区预测Ｆｉｇ．３ＰｒｅｄｉｃｔｉｏｎｏｆｔｈｅｔｒａｎｓｍｅｍｂｒａｎｅｏｆＣＡＦ－１ｐｒｏｔｅｉｎ５ＣＡＦ－１的磷酸化及糖基化位点利用ＮｅｔＮＧｌｙｃ１．０和ＮｅｔＰｈｏｓ３．１分析ＣＡＦ－１的糖基化和磷酸化位点，结果显示，当潜在磷酸化位点的阈值为０．５时，该蛋白含有１个糖基化位点（图５），含有２６个磷酸化位点，其中１１个丝氨酸位点，１３个苏氨酸位点，２个酪氨酸位点（图６）。·３４１１·中国病原生物学杂志ＪｏｕｒｎａｌｏｆＰａｔｈｏｇｅｎＢｉｏｌｏｇｙ２０１９年１０月第１４卷第１０期Ｏｃｔ．２０１９，Ｖｏｌ．１４，Ｎｏ．１０

【参考文献】：
期刊论文
[1]不可分型流感嗜血杆菌外膜蛋白P6的生物信息学分析[J]. 马玉帅,张彦霞,孙皖如,常月立,王文栋,张玉妥.  中国病原生物学杂志. 2019(03)
[2]结核分枝杆菌pyrF基因的生物信息学分析[J]. 黄劲,王洁,牛雪可,邱文,赵亮,王梅竹,康颖倩,冯永红,秦莲花.  中国病原生物学杂志. 2019(02)
[3]结核分枝杆菌LepB蛋白的功能预测及生物信息学分析[J]. 袁秋露,付玉荣,伊正君.  中国病原生物学杂志. 2018(08)
[4]结核分枝杆菌eis基因及其编码蛋白的生物信息学分析[J]. 张西燕,付玉荣,伊正君.  中国病原生物学杂志. 2018(02)



本文编号：2971801